一、适时使用消毒剂和抗菌药物
所谓适时，是指在发生鱼病时使用，这时候使用能杀灭水体中大量繁殖的致病菌。鱼病高发期是根据往年鱼病的发生情况总结出来。鱼病发生期是指养殖鱼类出现摄食减少或不摄食、头发黑、游动缓慢或有部分鱼离群独游、出现鱼类少量或大量死亡等现象。此外还要根据水质状况定期进行水体消毒，使用时间和剂量应参照厂家产品说明。
二、准确诊断病原，对“症”用药
准确诊断病原是对“症”用药的依据，是治疗疾病的前提，也是进行药敏检测的前提。就细菌性疾病而言，理论上健康鱼的肝、肾、脾、性腺、脑等器官处于无菌状态，健康鱼体表无病灶和腹水。反之，如果从这些器官、病灶中分离到大量病原菌，则可判断养殖鱼患上了细菌病。同时，烂鳃病、肠炎病、赤皮病、败血症、白云病等常见细菌病的病原都可以采用人工培养基分离和纯化。近十年的实验也确定该方法判断的细菌病结果十分可靠。
三、正确选用药物种类，合理使用抗菌药物剂量
鱼类病原菌体外耐受的药物在体内也一定耐受，体外敏感的药物体内不一定敏感。因此，可以采用纸片扩散法选出病原菌敏感的药物种类，筛除耐受的药物种类。
扩散法选出的敏感药物再采用浓度梯度稀释法定量敏感药物。即将敏感药物制成浓度梯度（单位为μg/mL），然后加入相同量的病原菌悬液，观察可以抑制病原菌生长的最低药物浓度，这个浓度值乘以8.1，用于鲤科鱼类的拌饵用药；乘以9.4，用于鲑鳟鱼类的拌饵用药。单位均为毫克每千克鱼。注意，这个数值超过鱼类中毒剂量时药物不可用。
四、区分药物剂型，及时调整治疗对策，强化鱼类免疫功能
药物的剂型不同，可能溶于水或其它溶剂，也可能不溶于水或其它溶剂。依据治疗的疾病种类不同，使用的方式也不同，需要加以区分。如治疗细菌性肠炎病，可采用不溶于水的药物剂型拌饵料使用，药物直接作用于肠道致病菌，起到治疗效果。治疗细菌性败血症时，需采用溶于水或其它溶剂又便于吸收的药物剂型，这样药物吸收进入血液后才能到达病灶，起到杀菌效果。治疗过程中，注意观察治疗效果，如用药3~5天内，死亡数量有无减少，养殖对象有无集群和游动快慢，摄食量有无恢复，疾病的典型症状有无减轻等，以便于及时调整治疗对策。
药物是控制疾病的主要方法之一，虽然非常重要，但任何药物在治疗疾病过程中都不是决定因素。决定因素是鱼类机体的免疫能力和抗病力。只有在鱼体具有一定的免疫力和抗病力的前提下，辅以药物治疗才会好的更快，药物才能发挥治疗作用。因此，要注意加强鱼类的免疫功能，如稳定水质、减少鱼类的应激，增加营养，使用免疫增强剂等都是比较好的办法。
