鱼菜共生系统显示出它在任何时间和地点生产可持续食品的真正潜力。水产养殖（鱼虾和蜗牛等水生动物的饲养）与水耕栽培（植物的水中栽培），鱼菜共生是再循环系统中植物高效栽培的一种“清洁环保”方式，可遵循以下七项规则：
一、审慎选择饲养池。鱼池是鱼菜共生单位的重要组成部分，尽量使用耐用的塑料或玻璃钢水箱，最好为圆形，池底平坦或呈锥形，以便保持清洁。
二、确保通风和水循环。这意味着需要使用水泵和气泵，让水体含有充足的溶解氧并流动，从而确保养殖动物、细菌和植物的健康。电费是该系统的一项主要开支，因此应当明智地选择水泵和电源，大型鱼菜共生项目中为节约成本应考虑光伏发电。
三、保持良好水质。水是鱼菜共生系统的关键。它是将所有基本营养物质输送到植物的媒介，为鱼类提供生存环境。溶解氧（5毫克/升）、pH值（6-7）、温度（18-30℃）、总氮和水碱度五项主要参数对于监视和控制水质至关重要。使用中可借助通用测试套件实施检测，简化实际管理工作。
四、不要使鱼池过度拥挤。较高的放养密度需要采取更加积极的管理，建议放养密度为20千克/1000升。
五、避免过度饲喂，并清除任何剩余食物。废物和吃剩的食物对水生动物危害极大，因为它们会在系统中腐烂，腐烂的食物会引起疾病，并耗用所有溶解氧。每天投喂30分钟后应清除任何吃剩的食物，并对第二天的投喂量作出相应调整。
六、合理选择植物和安排间距。在生长期较长的植物（比如茄子）中间种植生长期较短的蔬菜（比如绿叶蔬菜），在大型结果植物之间连续补植莴苣等嫩叶蔬菜能够营造自然遮荫条件。一般情况下，鱼菜共生系统中绿叶植物与西红柿、黄瓜和辣椒等果实类蔬菜一起栽培效果极好。
七、保持动植物间的平衡。采用批量耕作系统有助于确保水生动物和蔬菜的稳定收成，维持生产水平，保持鱼和植物间的平衡。确保幼小植物和鱼类的来源至关重要，因此必须在规划阶段考虑供应问题。
