一、 水质分析。包括水温、溶解氧、氨氮硫化氢、酸碱度及亚硝酸盐等，还要查看水源及周围有无农田施肥等情况、测定养殖水域的面积、水深、底质状况、拉网、有无敌害生物及有无水产动物寄生虫的中间寄主、周围有无水产动物寄生虫的终末寄主等。
二、 问诊。包括三方面1养殖的品种、苗种来源、规格大小、健康状况和放养密度等。2池塘消毒以及日常防病所使用的药物和使用方法及投饵和施肥的种类、频率、饲料质量等。3发病养殖池中鱼的活动情况如游动、摄食等。发病过程中采取过的措施，包括患病种类、发病时间、病症与病情、死亡情况、采取的措施与效果等。
三、目检。一般检查病鱼首先通过肉眼观察，由表及里，直接从鱼体患病部位找出病原体或初步诊断出患病原因。主要观察鱼体颜色及各部位有无充血、发炎、溃烂、粗糙、畸形、变色、粘液量和大型寄生虫。体表检查鱼类头部、眼睛、口腔、鳍、鳞片是否充血、突出、脱落、腐烂。鳃部检查是否充血、溃烂、有无寄生虫及颜色正常与否。
四、镜检。体表和鳃部是鱼类发病的主要部位，一般作为显微镜检查的重点。用镊子刮取即将死亡或刚死不久的病鱼皮肤、鳍、鳃等外部器官的粘液，加入纯净水，盖上玻片，稍稍压平，先用低倍镜检查，观察不清楚时再逐步调用高倍镜。记下观测到的寄生虫的种类及数量。
五、解剖。肉眼检查解剖新鲜患病鱼，观察内脏器官组织的颜色和形状有无变化，如炎症、充血、出血、肿胀、溃疡、萎缩退化、肥大增生、体腔积水等病理变化、有无寄生虫及其包囊等。
