进入21世纪，永城水产业有了长足发展，但是，只是养殖总量上的单纯增加，并且表现出分散和盲目，缺少政府主导下的整体规划和有序发展，以传统养殖模式居多，投资大、风险大，技术含量低、市场竞争能力差，发展缓慢，渔业资源闲置较多等诸多问题，具体表现为以下几个方面：
1、 水产业缺少应有重视和发展环境。由于永城水产业起步晚，在大农业中所占比例较小，没有引起政府及社会各界应有的重视。沉陷区土地复垦没有兼顾水产业发展的综合规划。政府重农轻渔，导致一是沉陷区复垦以土地为追求目标，池塘成为副产品、取土坑。高产池塘要求规格5-15亩、水深1.5-2.5米，而现在普遍过大（几十甚至几百亩）、过深（水深5米以上），规格不等；更不考虑现代渔业要求的成排、连片及苗种池、成鱼池搭配比例，不利于规模化、产业化开发利用。二是池塘使用权限不清、水面资源利用率低。不是被当地所谓强人霸占以垂钓、娱乐为主，就是普通养殖者利益缺少法律保障；因各种矛盾引起的偷、毒、破坏现象时有发生。
徐州、淮北周边老矿区沉陷复垦及农业种植、水产养殖也走过我们同样的弯路，但是，现在他们已经认识到水产业发展的重要，已步入现代农业、规模养殖的轨道上。打破村组界限，科学规划，尽量实现田成方、塘成排，一个个种植、养殖园区基础完善、整齐有序、管理方便，吸引众多投资产业化经营，并取得良好效果。值得我们学习。
2、水产业基础建设薄弱。一是缺少苗种繁殖、培育供应基地；水产苗种培育要求池塘规格偏小、水深适度、集中连片。但是，目前，我市农村坑塘不成规模，而且基本干枯，沉陷区复垦池塘普遍大而深，无法进行水产苗种培育。近几年，省水产局按照全省水产苗种生产布局以及我们永城水产养殖需要，计划在永城扶持建设一个省级水产良种场，农业部基建扶持资金500万元左右。但是，由于没有合适的条件，一直没能实施。截至目前，永城没有一家规模化专业化的水产苗种生产场，大宗传统苗种供应无保障，全市水产苗种每年需求量每亩按1000尾计算，大约3000万尾（折合约100万公斤），实际产量不足10万公斤，缺口极大。而水产苗种供应又有极强的季节性和运输要求，成为我市水产业发展的主要限制因素。水产养殖户有经验、有计划的还好一些，提前寻找购买苗种；一些没有经验的新养殖户，习惯春天放养，往往不能购买到理想的苗种，或者达不到理想的规格、放养比例，甚至被骗，造成养殖失败。没有专业的苗种生产基地条件，一个养殖户临时性养殖一点苗种，又发愁找不到买家。假如有专业苗种养殖供应基地，形成销售网络，与养殖户建立定向、订单供应关系，双方都有好处。二是没有一处具备水产养殖试验、推广功能的示范基地。一些水产名优品种、先进技术无法进行引进、试验，缺少龙头效应，因而也就无法形成规模化、产业化。三是水产产业体系不健全，所谓产业体系包括产前、产中、产后供应、服务、销售一体化网络。就水产业来说是水产苗种培育供应、鱼用饲料生产供应、养殖过程技术服务保障、产品加工、销售服务保障。苗种供应、饲料生产目前空白问题我们已经说过，技术服务有待加强，就水产品销售来说，我们还存在许多问题，缺少有效的销售网络，
3、水产业监管与技术支撑体系不健全。目前，我市虽然成立了水产技术推广和渔政管理机构，但是，仍然存在工作经费不足、技术力量薄弱的问题，与水产资源优势和经济规模不相称，不能满足水产业发展的需要。大部分养殖技术落后、品种单一老化，饲料、药品来源混乱，使用不规范，缺少有效检测、监督，水产品销售没有实施准入制度，质量安全存在极大隐患。同时，无法打造品牌和赢得消费者信任，缺少市场竞争力。
4、水产品流通、加工方面空白。目前，我市水产品销售管理不规范、渠道不畅通，一些获得无公害认证的优质水产品得不到认可，就不能获得相应的利润回报。不利于推动标准化养殖。
