淡水小龙虾对环境的适应力及耐低氧能力很强，甚至可以直接利用空气中的氧，但长时间处于低氧，水质过肥或恶化的环境中，会影响淡水小龙虾的蜕壳速度，从而影响生长。因此，水质是限制淡水小龙虾生长，影响养虾产量的重要因素。不良的水质还可助长寄生虫、细菌等有害生物大量繁殖，导致疾病发生和蔓延，水质严重不良时，还会造成小龙虾死亡。在池塘高密度养殖淡水小龙虾时，池水透明度要控制在40cm左右，按照季节变化及水温、水质状况及时进行调整，适时加水、换水、施肥，营造一个良好的水体环境。淡水小龙虾养殖水质管理掌握以下原则：
“春浅、夏满”原则。春季水位一般保持在0.6-1m之间，浅水有利于水草生长、螺蛳繁育和幼虾脱壳生长。夏季水温较高时，水深控制在1-1.5m，有利于小龙虾度过高温季节。
“先肥、后瘦”原则。保持养殖水体“肥、活、嫩、爽”，早期虾苗幼小，肥水能培育浮游生物，有利于提高幼虾培育成活率；中后期水质清瘦能促进小龙虾快速生长，提高产量。一般早期池水透明度在30cm左右，后期透明度保持40cm以上。
改良养殖水质。每半个月泼洒1次生石灰水，每亩水面水深1m用生石灰10kg，使池水PH值保持在7.5-8.5之间，可以增加水体钙离子浓度，促进淡水小龙虾蜕壳生长。定期施微生物制剂，改善养殖池塘的水质和底质。
