危害对虾养殖的主要流行病是白斑秆状病毒（ＷＳＢＶ）。另外还有斑节对虾秆状病毒病（ＭＢＶ）、对虾中肠腺细小病毒（ＨＰＶ）、黄头杆状病毒（ＹＢＶ）及支原体、衣原体、细菌等引起的疾病。这些病一旦发生是难以治疗的。因此，防治结合，防重于治应是长期的战略方针。其主要的措施有以下几个方面。
一、选择健康无病毒虾苗。选择健壮不带致病病毒的虾苗是获得成功的第一步。其主要的手段是通过肉眼观察虾苗活力状况及利用ＰＣＲ或核酸控针进行病毒检测。
二、封闭式养殖管理。放苗前对养成池及养殖用水进行彻底消毒。在养殖期间，不投喂带有病毒的鲜活饵料，不抽带有病毒的海水，而以谈水作补充水，各池操作工具分开，防止互相传染。
三、优化养殖条件，提高对虾抗病力。这主要是为对虾创造一个优良的生长环境，提供优质饵料，减少刺激因子，避免对虾发病。实践证明这是一条行之有效的途径，即便是对虾受到病毒感染，仍可以不发病而继续生长。如湛江一高位池养殖场，养殖至五十多天时发现五口池的斑节对虾感染了白斑杆状病毒，但水质好的三口池依然生长正常，直到收虾也没有暴发病，而另外两口池因水质差，连续下刺激性强的消毒剂而迅速发病，导致失收。
四、探索新途径，提倡生态防病。生态防病就是利用生物群落之间相互作用，保持虾池生态系的平衡，从而达到防病的目的。如近年来提倡的鱼虾混养、虾贝混养、虾池投放江篱等方法都有一定的效果，值得进一步探索。
