一、物理方法
（1）有条件的养殖户每年冬季卖完鱼后会进行清塘挖淤，将一年积累的淤泥推到池塘周围，然后进行晒塘等操作，减少第二年病原菌的数量；
（2）晴天中午开动增氧机1-2小时，增加池塘上下水层交换，让高溶氧的上层水与低溶氧的底层水进行充分交换，减少池塘底部“氧债”；
（3）以沸石粉、木炭等吸附性物质为主的物理型底质改良剂也是改善底质的一种物理方法，能大量吸收底部中的氨等有害物质，但此法只能将有害物质进行吸收，不能根本解决问题。
二、化学方法
（1）使用生石灰清塘。生石灰遇水后发生化学反应，中和淤泥中的各种有机酸，改变酸性环境， 放出大量的热能,可以起到除害杀菌、施肥、改善底质和水质的作用，此方法是养殖准备期进行，方法简单，运用较广。
（2）以过氧化钙（CaO2）为主的化学改良剂是目前化学改底中较常见的一类，该类物质主要是对池塘进行碱化，提高池塘pH，同时增氧底部溶氧，促进硝化作用进度，降低氨氮、亚盐和硫化氢等含量，降低池塘有害物质含量。
（3）目前市场上兴起的螯合剂也是一种化学底改剂，能直接将氨氮、亚盐等离子进行螯合，形成螯合产物。
三、生物方法
生物方法主要是针对池塘底部施用相应的菌种，对其中积累的有机物以及一些有毒有害物质进行分解或吸收，如施用芽孢杆菌后可以有效分解池塘底部的有机物含量，并能为池塘藻类提供营养盐，形成良性循环；光合细菌能在无氧或含氧量低的底部利用硫化氢等有害气体合成自身物质进行大量繁殖，从而降低硫化氢等有害物质。因此微生物底质改良剂, 能发挥各菌种的协同作用,将残饵、排泄物、动植物尸体等影响底质变坏的隐患及时分解消除,不仅能改善底质和水质,而且能通过生态占位控制病原微生物及其病害的蔓延扩散，实现改底降病害的目的。
