从理论上讲，最好在蛋产出后立刻消毒，但这在生产中难以做到。比较可行的办法是每次捡蛋完毕，立刻进行消毒。种蛋入孵后，在入孵器里进行第二次消毒。虽然种蛋有胶质层、蛋壳和内外壳膜等�傅雷匀黄琳希嵌疾痪弑缚咕阅埽韵妇钥山氲澳冢档头趸屎陀跋斐χ柿俊Ｒ虼耍匦攵灾值敖腥险嫦尽�
消毒方法：种蛋消毒方法很多，但以甲醛熏蒸法和过氧乙酸熏蒸法较为普遍。
甲醛熏蒸消毒法：甲醛（通称“福尔马林”，是40%的水溶液）熏蒸消毒法消毒效果好，操作简便。对清洁度较差或外购的种蛋，每立方米用42毫升福尔马林加21克高锰酸钾，在温度20摄氏度-26摄氏度，相对湿度60-70%的条件下，密闭熏蒸20分钟，可杀死蛋壳上95%-98.5%的病原体。在入孵器里进行第二次消毒时，每立方米用福尔马林28毫升、高锰酸钾14克，熏蒸20分钟。
过氧乙酸熏蒸消毒法：过氧乙酸是一种高效、快速、广谱消毒剂。消毒种蛋时，采用含16%的过氧乙酸溶液40-60毫升，加高锰酸钾4-6克，熏蒸15分钟。
种蛋的消毒
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