分株繁殖是红睡莲的主要繁殖方法，于每年春季3～4月份，芽刚刚萌动时将根茎掘起，用利刀分成几块。保证根茎上带有两个以上充实的芽眼，栽入池内或缸内的河泥中。
红睡莲主要采取分株繁殖。耐寒种通常在早春发芽前3-4月进行分株，不耐寒种对气温和水温的要求高，因此要到5月中旬前后才能进行分株。分株时先将根茎挖出，挑选有饱满新芽的根茎，切成8~10cm长的根段，每根段至少带1个芽，然后进行栽植。顶芽朝上埋入表土中，覆土的深度以植株芽眼与土面相平为宜，每盆栽5~7段。栽好后，稍晒太阳，方可注入浅水，以利于保持水温，但灌水不宜过深，否则会影响发芽。待气温升高，新芽萌动时再加深水位。放置在通风良好、阳光充足处养护，栽培水深20~40cm，夏季水位可以适当加深，高温季节要注意保持盆水的清洁。在少量盆栽时，可把已栽植2~5年的红睡莲倒出盆外，切割成2~4块，再栽入盆中。
