1、高温消毒法：对于用量少的基质（土壤）可采用高温消毒法，将其倒入加热到120～150℃的铁锅中炒30～50分钟。
2、药物杀菌法：用量大的基质一般采用药物杀菌法。
3、多菌灵：将50％多菌灵粉剂50g均匀拌入1立方米的土壤内，用薄膜覆盖3～4天，揭膜1周后可用。也可在扦插前用25％多菌灵可湿性粉剂500倍液浇灌苗床消毒，24小时后扦插。
4、高锰酸钾溶液（或福尔马林、硫酸亚铁溶液）：扦插前1～2天，用0。5％的高锰酸钾溶液或福尔马林50mL／平方米加水稀释喷洒后用塑料薄膜覆盖3～5小时密封熏蒸；或用2％～3％的硫酸亚铁溶液喷洒，每平方米喷洒5kg左右，2～3天后扦插。
5、百菌清：在扦插前1天用百菌清1000倍液消毒基质。基质一般不可重复使用，以避免携带病菌造成插穗感染。如需反复使用，应对基质进行消毒。有些基质（如蛭石、炉灰渣等）在反复使用过程中颗粒易破碎，增多粉末，不利于透气，因此必须定期进行更换或将其筛出，补进新的基质。
