肉豆蔻雄花序长1-3厘米,无毛,着花3-20,稀1-2,小花长4-5毫米;花被裂片3(-4),三角状卵形,外面密被灰褐色绒毛;花药9-12枚,线形,长约雄蕊柱的一半;雌花序较雄花序为长;总梗粗壮、着花1-2朵;花长6毫米,直径约4毫米;花被裂片3,外面密被微绒毛;花梗长于雌花;小苞片着生在花被基部,脱落后残存通常为环形的疤痕;子房椭圆形,外面密被锈色绒毛,花柱极短,柱头先端2裂。
果通常单生,具短柄,有时具残存的花被片;假种皮红色,至基部撕裂;种子卵珠形;子叶短,蜷曲,基部连合。
花期12月至翌年1月,果期3至5月,被列为国家Ⅱ级重点保护野生植物。