1.股市“物理环境”即制度安排存在巨大缺陷
一是股市功能定位出现偏差，融资功能与投资功能严重失衡。我国股市在设立之初，即被赋予了为国企解困的任务，其结果造成了股市功能严重失衡的现实。
二是股权分置的制度设计，造成了流通股东与非流通股东之间的利益对抗。作为我国股市与生俱来的制度缺陷——“股权分置”，其在设计之初虽然巧妙地绕开了“姓资姓社”的困扰，使股市得以在体制夹缝中生存发展起来，但这一股权设计也给股市留下了巨大的制度隐患，直接导致上市公司产生了同股不同权、同股不同利等现象，造成了不同类别股东权利和责任的不对等，激化了非流通股股东和流通股股东的利益矛盾，为股市营造了侵害社会公众投资者利益的土壤，同时也造成了市场流通性不足，价格持久而大幅度地偏离价值，社会资本与国民经济增长热点不能同方向流动等种种弊端。
三是监管政策的失当，加剧了股市生态的失衡。中国股市历来被称为“政策市”，这是由于政策与行情的演绎存在明显的因果关系：当市况高涨时，管理层出台“利空”政策给市场降温；当市况低迷时，管理层则迎合市场要求出台“利好”政策来救市、托市，刺激股市向上。如此周而复始，使中国股市陷入了一种“政府托市、企业圈钱、机构坐庄、股民割肉”的怪圈之中不能自拔。
四是信用缺失，造成市场各类参与者行为变异。一是上市融资变成了“圈钱”。中国股市从成立以来，融资一致被置于突出的位置上，融资为制度之本、包装为登堂之桥、公关为致胜之道成了股市的潜规则。二是入市投资变成了“投机”。我国股市长期存在着“一大三高”现象：股票价格起伏大，换手率高、市净率高、市盈率高。这是“投机市”的重要特征。股票市场并不完全排斥投机行为，因为适度的投机有助于增强股市的活力，但一个股市如果炒风盛行，投机过度，甚至取代投资而成为股市的主流，必然造成没有实质发展的泡沫经济，这只能给股市自身和国民经济带来极大的危害。三是市场中介变成了“投机商”。长期以来，自营或变相自营投资成了券商主要的生存支柱，而过大的自营规模将券商从中介性质的机构演变为自有资金的投机商，从而引发了券商资金链的紧张，造成了经营困境。
2.上市公司质量不高，造成股市生态系统中“生产者”生产能力低下，“生产者”与“消费者”角色错位
上市公司是股票市场的基石。上市公司质量不高，一直是我国股市最大的不稳定因素。我国股票市场经过l0多年的发展，到2OO4年末，已经拥有l377家上市公司，规模相当可观，但从公司的业绩表现看，却是良莠不齐。上市公司总体质量不高主要表现在三个方面：一是盈利能力不强。1994-2001年的8年间，上市公司业绩总体上处于下降通道，沪深两市上市公司加权平均每股收益和加权平均净资产收益率从0.31元和13.2%分别下降到0.14元和5.56%，下降幅度高达54.84%和57.88%。2002年上市公司业绩触底反弹，之后3年一直呈现回升态势，沪深两市加权平均每股收益分别为0.143、0.195、0.25元，加权平均净资产收益率分别为5.72%、7.37%、9.76%。上市公司业绩在保持3年的增长之后，2005年又呈现出同比下降的趋势。
另据中国社科院工经所《2005中国企业竞争力年度报告》研究表明，虽然上市公司仍然保持了规模竞争的对比优势，但是在效率竞争力上却从2001年之后低于非上市企业，已经优势不大。二是公司治理水平不高。我国的上市公司大都是由传统的国有企业脱胎而来，原有的治理结构难以在短期内消除，由于行政机制的介入与市场机制的缺失，上市公司中比较普遍地存在着“转轨”不转制现象。上市公司治理结构方面的缺陷，主要有：国有股控制权不明确，形成国有股权虚置；上市公司与控股股东存在过多关联交易；股权过于集中，深沪两市上市公司前三名大股东合计持股比例接近6o%；大量国有股、法人股不能流通，使公司控制权市场难以形成“内部人控制”现象严重，难以发挥制衡机制；董事会功能和程序不够规范，对董事缺乏相应的责任追究制度；监事会没有发挥应有的监督功能；经理层缺乏长期激励和约束机制。三是诚信意识淡漠。我国股市制度缺陷以及上市公司不合理的股权结构的长期存在，使得上市公司总体上并没有养成诚实守信的经营理念，最突出地表现在造假现象严重。从我国上市公司的造假案件看，为处于管理层的大股东谋取利益构成了造假的直接动机。与造假收益相比，造假的成本是很低的。
3.股市生态系统中不同“消费者”之间数量关系失衡
生物之间的食物链关系包含一定的数量与能量的比例问题，生态学家据此概括出了一个定律——金字塔定律(或锥形定律)。在稳定的生态系统中，各生物种群总是保持着数量平衡，而任何物种种群密度的波动如果超过一定的范围，不仅会对这一物种自身的生存带来威胁，而且会对生态系统中的各个子系统产生直接、间接的影响，甚至破坏生态系统的内部平衡。
4.股市生态系统中“分解者”缺失
分解者是生态系统的“清洁工”，如果没有分解者，死亡的有机体就会堆积起来，使营养物质不能在生物与非生物之间循环，最终使生态系统成为无源之水。就股票市场而言，“分解者”缺失就是指市场退出机制不健全，缺乏市场化退出的制度安排，从而造成股市整体质量下降、证券行业风险加大。多年来，我国股市上一直没有能够确立严格的上市公司摘牌制度，致使一些资不抵债、缺乏市场重组潜力和收购价值的空壳公司仍然在股市中垂死挣扎，从整体上恶化和降低了股市的信用环境和运行质量。券商数量随着证券市场垄断性、封闭性经营环境的改变而由1998年的84家快速增加到2004年的136家，造成行业过度拥挤，没有达到起码的规模经济；加上在竞争中失利的券商不能及时止损退出市场，导致证券业不能维持必要的利润率。
