1.IPO询价制度并未实现新股定价的完全市场化。虽然目前的新股询价制度向市场化方向迈出了一大步，但与国际上通行的完全市场化定价却有很大区别，因为其核心不是优化配置资源功能，而是为了融资顺畅的考虑。目前中国的新股询价制度的“本土特色”依然很浓厚，主要表现在两个方面:一是向询价对象配售股票比例较低，市值配售政策依然实施，而且社会公众投资者不适用这一询价制度，现有流通股东的利益得以维持。二是向询价对象配售股票锁定期在3个月以上。也就是说，有权参与新股定价的券商等机构投资者必须购买一定比例的新股，并锁定3个月后才能上市流通。
2.通过询价制度产生股票发行“市场价”畸形的问题。IPO询价制度在价格的确定上必然产生两个问题:一是市场价值发现功能必然扭曲问题。在股权分为流通股和非流通股且产权界定模糊的条件下，缺乏基本真实供求量基础。不能想像一个对他所交易的对象不能货比三家择其优、对所交易的对象的供应量状况无法判断的交易者，能够对所交易对象作出正确的估值。这样市场价值发现功能必然扭曲。IPO询价结果肯定是一种失真的畸形“市场价”。二是缺乏询价制度所必需的基本市场结构。西方国家上市公司的股东是多层次、多结构的，股东之间是互相竞争的，各地各层次交易所之间也是互相竞争的。足够多的交易者进人市场是均衡价格形成的基本条件，多层次的市场结构是均衡价格合理化的基础，寡头垄断、一股独大的市场结构不可能真正实现市场价值发现功能。
3.IPO询价制度与过去体制存在矛盾和衔接问题。过去的股票发行价，无论什么企业都是由政府定价，而且以前发行价都在20倍市盈率以上。如果新股随行就市，以低于20倍市盈率发行，那么以前发行的所有股票的价格就得推倒重来，这将对市场产生很大的震动。如何解决价格双轨问题，也是新股询价制度所要面临的问题。
4.IPO询价制度仍忽视中小投资者的利益。由于社会公众投资者不适用这一询价制度，在定价总体上不利于流通股股东的情况下，IPO询价制度明显地维护了流通股中的机构投资者的利益，而忽视了中小投资者的利益。尽管IPO询价制度的公正性、合理性确实存在瑕疵，但这也是利害权衡的结果，让中小流通股股东参与询价过程在技术上确实也不太现实，关键是如何建立相应的修补机制，抵消因此带来的中小投资者利益的损失。
5.IPO询价制度中的定价科学性问题。在IPO定价制度改革之后，询价对象作出询价反馈的主要判断依据是保荐机构提供的发行人定价估值报告，而保荐机构目前在人员的配置上与定价方法和技术的掌握上都不能胜任这一要求。
