却藏寺由一世却藏南杰班觉始建于清朝顺治六年(1649年)。雍正元年因为罗卜藏丹津事件被毁坏,以后又重建。1985年常住寺僧150余人。寺院有大小经堂和千佛殿,并有却藏、章嘉、赛赤、归化、莲花、阿群、夏日等活佛的“拉让”(活佛住的地方)。建筑宏伟,主要建筑物释迦千佛殿高三层,九十九间。全寺有显宗、时轮学院,采用哲蚌寺郭莽扎仓教程,并在扎仓内设有本寺“却藏康村”。现在的主持是六世活佛罗桑丹贝旺秀。
却藏寺附近有“高峡平湖”之称的南门峡水库旅游区,有明代的古长城遗址和神话传说中的二郎杨戬捉妖龙、箭射南天门等旅游景点,有然罗咱瓦修行洞、天池、国师泉、石龙看经等。因此,却藏寺和却藏滩是朝拜、避暑、旅游的最佳地方,也是青藏高原罕见的风水宝地。
却藏寺的建筑规模极其宏伟,整个寺院由众多的殿宇、经堂、佛塔、僧舍等组成,占地约800多亩,建筑古色古香,华丽壮严,其中以千佛殿等最为出名。寺内有法相、时轮、哲理学院及总领全寺的大经堂,并建立讲闻经院,学习显宗、密宗、修辞、天文、历算等学科系统。清道光十年(1830年),进行大规模建设。皇帝为施主出巨资,由章嘉国师和却藏活佛修建了海内外闻名的释迦千佛殿,殿顶铺金瓦,装饰巨型金龙九条,殿宇金碧辉煌、气势雄伟,殿内佛像、法器、供物举世罕见,寺藏文物价值连城。该佛殿供奉的佛像包罗藏传佛教六大门派。殿墙以红(宁玛)、白(格鲁)、花(萨迦)等各教派标志的颜色进行彩绘,佛殿以黄瓦红墙为主,这是章嘉国师统领全国佛教各派的权力象征。道光皇帝敕赐满、汉、蒙、藏四种文字金汁书写的“广济寺”匾额。还特许建九龙壁一座,不久再赐“祥轮永护”匾额。
却藏寺所属寺院较多,下辖有化隆县的夏琼寺、湟源县的扎藏寺、海南州贵德县的白马寺、海西州乌兰县的都兰寺和新疆焉耆县的却藏苏木寺、和靖县的夏日苏木寺等众多属寺,在海东、海西、海北藏、土、蒙古族中很有影响。寺院所在的南门峡、海北门源县的皇城、苏吉滩,刚察县及海西都兰等地的藏族、蒙古族、土族群众为其主要信仰者。