众所周知，诊断是治疗的基础，也是前提，更是重中之重。过去由于对系统性红斑狼疮的不了解，很多系统性红斑狼疮病人被误诊为其它疾病，从而延误病情，使很多病人深受其害。从而可以看出，诊断与治疗往往是紧密联系，相辅相成的。
免疫学检查有助诊断系统性红斑狼疮：对于抗生素治疗无效的病人，相关免疫学检查可以有助诊断。结节性多动脉炎可有皮肤、关节和肾脏受累，与系统性红斑狼疮有相似表现，但结节性多动脉炎的皮肤改变多为皮下结节，大关节肿痛，血白细胞数常升高，抗核抗体阴性。常以关节起病，尤其是类风湿因子阳性的系统性红斑狼疮患者，常误诊为类风湿关节炎。系统性红斑狼疮关节疼痛、肿胀、晨僵等关节症状均较轻，持续时间短，为非侵袭性，不出现关节畸形。系统性红斑狼疮肌痛轻，肌酶谱正常，肌电图无异常。多发性肌炎肾脏病变少见，抗-dsDNA抗体、抗-Sm抗体均阴性。3%的患者以血小板减少性紫癜起病，不伴或很少有SLE的其他症状，很容易误诊为原发性血小板减少性紫癜。骨髓检查、抗核抗体检测及其他免疫学指标有助于诊断。约有2%的患者以溶血性贫血起病，不伴或很少伴有SLE其他症状，易误诊。检测抗核抗体谱有助鉴别。
此外，一些小病小痛诸如感冒发烧等也是不可忽视的，临床研究发现，其中80%的系统性红斑狼疮患者活动期发热，以低热常见，需与感染相鉴别。总之，该病的鉴别诊断在临床治疗中有着重要意义，及时高效的准确诊断为病人的治疗提供依据。
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