我们可以从下图了解鱼菜共生的循环原理：
示意图中，绿色板块代表我们的蔬菜（各种植物的机体）；肉色板块代表各种动物（牲畜类、禽类、鱼类、虫类等等，当然也包括人类）；灰色板块代表土壤或者硝化池（各种土壤，基质，砂砾，培养基等等）。各环节沿着箭头所指的方向不断地循环下去，周而复始，生生不息。
在循环全过程中，从头到尾少不了一个身影，那就是微生物。在这里，酵素、硝化菌、生物酶等等，在这些转变的过程中起着关键的催化剂的作用。
鱼菜共生其实是动物、微生物与植物的共生，只不过鱼和菜都需要近乎相同的水（温度、PH、溶解氧等），而鱼不要的氨氮又正好是菜的食物，从节水、环保的角度看鱼菜共生最有利。不缺水的地方，则不必局限于鱼菜共生，而应该把视角扩大到动物、微生物与植物的共生。
由此我们可以看到，一直以来行业内致力推广的种养结合或者说生态养殖，比如猪-沼-鱼、猪-沼-果（草、菜、竹），不管它是什么形式的结合，不就是鱼菜共生的原理吗？
