科学用药的目的是提高水产动物疾病的防治效果与水产动物的品质。科学用药主要应考虑以下几点：
①要正确诊断，对症对方用药；②选药要有明确的指证，安全用药；③掌握影响药物疗效的一切因素，排除各种因素可能造成的对药物的干扰，适宜用药；④适当加大或缩小用药的浓度、用药的次数和用药的间隔时间，合理用药；⑤祛邪扶正并举，增强机体的抗病能力，控制用药；⑥认真观察、分析，根据情况采取停药、调整剂量和改换药物的措施，有效用药。
科学用药，要把工作重点放在“以防为主，防治并重”上。在疾病流行的高峰期要根据水产动物疾病的流行规律，定期投喂抑制和杀灭病原体的药物或提高养殖动物新陈代谢机能的药物来预防疾病发生。常用方法为将药物加入饵料中，如加一些对病原体敏感的抗菌素或中草药（如板兰根、大黄、大蒜、黄连等）以及某些维生素、微量元素、矿物质等。渔用疫苗、微生物制剂与生物渔药不会对水产动物造成负面作用，它们才是真正的绿色渔药，是科学用药的一个最有效和最有前途的方向。
