鱼病的发生往往与环境因素密切相关，为了正确诊断，必须要做周密的调查，主要做好以下几方面。
1． 病情况的调查
包括发病鱼的死亡数量、种类、大小；病鱼的活动与外征，池中饲养的种类、数量、大小、种苗的来源，水质管理情况；采用的防病措施和发病后采取的何种措施，池塘周围的环境情况等等，为疾病的确诊提供全面的情况。
2． 养管理情况调查
饲养管理情况包括放养密度、每天投喂饵料的次数、数量、种类和质量，饲料的来源、储藏、消毒情况；未发病塘或已往发病史等情况的调查。
3． 气候和水质情况调查
主要包括气温、水温、阴晴、风、雾等气候情况；水质酸碱度、溶氧、亚硝酸盐含量；水色、透明度、硫化氢等指标，作为进一步诊断的依据。
除依据上述所收集的资料外，必须对病鱼作详细的剖检并综合分析，找出主要病因与次要病因，做出最终正确的诊断。一般采用目检与镜检同时进行。
1． 诊断鱼的选择
一般选择疾病晚期，快要死亡的病鱼作材料，检查数量不少于3~5尾。死亡已久或腐败鱼，其组织形态和色泽有较大改变，不宜作为检查的材料。
2．检查的顺序
一般的顺序是由外到内，由表及里；先查体表，然后检验血液、内脏、器官、组织。其中体表、鳃、肠为必须检查的部位。
体表检查内容包括观察头部、口腔、眼和眼眶周围，鳃盖、躯干、鳞片、鳍、肛门、尾部有无异常或大型寄生虫、孢囊等。各部位组织是否有充血、发炎、溃烂、浮肿、鳞片松弛、竖鳞、脱落、鳍缺损等病症。然后刮取体表或鳍上粘液，做玻片镜检，看是否有原虫，蠕虫类寄生虫。镜检应先低倍镜观察，后高倍镜的观察顺序。
鳃部检查时应注意目检鳃瓣是否完整、颜色有否异常，是否有小型孢囊、大型寄生虫；鳃丝是否充血、褪色、肿大、发白、腐烂等。然后剪取少许鳃丝，滴清水并轻压盖玻片，做成玻片镜检，可能发现细菌、真菌、原虫、蠕虫或甲壳类等病原体。
内部器官检查方法和内容：从肛门沿腹线和侧线向前剪开，把一侧体壁翻开，暴露出整个内脏（注意不要弄破内部器官，以免影响观察效果）。观察腹腔是否积液，有无大型寄生虫（如线虫、绦虫、孢囊等）。观察各组织的大小、颜色深浅是否有病变。然后从咽喉和肛门处剪断消化道，取出整个内脏，进一步检查内脏器官。依照心脏、膀胱、胆囊、肝胰脏、脾脏、肾脏、肠系膜、胃肠道、性腺、气鳔、脂肪组织、脑、肌肉顺序依次目检或镜检。一般根据临诊和目检所得进行初步判断病因，然后再重点检查肝、肠等重点部位。胃肠道可从前肠、中肠、后肠观察肠道食物情况、肠壁是否发炎、肠粘液的颜色和粘液多少，观察有无大型寄生虫或孢囊；也可刮取肠道粘液进行镜检病菌。血液检查看是否检出细菌、异常血球、寄生原虫、蠕虫等病因。
3．疾病确诊
鱼病的诊断较为复杂，有些疾病是单一病因，有些是多种病原交叉感染。一般病症通过目测，可作出初步诊断，大多数需镜检确诊，部分疾病需细菌学、病毒学检测、生化或组织病理学检验才能得出结论。有些鱼病属条件致病因，要结合病原的数量，外界环境因素，综合分析才能正确判断。
