1、温度过低：不同的藻类对温度的需求也有所不同，过低的温度，新陈代谢比较慢，起不来。
2、光照强度不够，阴雨天光照不足或温度低，藻类生长繁殖速度慢，一般两天连续晴天，就可以肥塘。
3、过高或过低：值过高，要看是盐碱地，还是因为使用石灰或其他东西消毒时导致。过低，可用生石灰调节。
4、藻源缺乏：引有藻水进塘，也可以用带有藻种的肥来施。
5、水中摄食藻类的浮游动物多，原因主要是第一次进入塘中的水没有消毒，或者消毒不彻底。在养殖过程中，如果尚未放苗，可用漂白粉杀灭，如已放苗，可让鱼苗吃掉，看中好天气，加重施肥并用有机肥挂袋于塘中。
6、一些原生动物如果大量繁殖也会抑制藻类的生长，此时，可用杀虫剂杀灭后再肥水。原生动物与轮虫是有区别的，前者肉眼看不见，它以有机碎屑、死藻类为食，分泌粘液抑藻，后者肉眼可见，有趋光性，直接吃食藻类。
7、过量使用副作用较大的消毒剂或重金属浓度过高，将藻类和微生物杀灭而导致其无法繁殖生长，可使用微生物制剂，保持水质稳定。
8、水中杂藻（如刚毛藻、浒苔类、沟草等）过多而抑制了单细胞藻的繁殖和生长。
