在温室甲鱼的养殖过程中，我们通常用溶解氧、PH值、氨氮、亚硝酸盐、硫化氢、透明度和微生物等因子来表明水质的指标和性状，这些指标和性状的变化直接影响甲鱼的生长、产量、品质和经济效益。甲鱼对水质指标的适应围。
表1 龟鳖对水质指标的适应范围
| 理化因子 | 最适范围 | 不适范围 |
| 水温 | 26℃~30℃ | 18℃以下；32℃以上 |
| pH | 7~8 | 7以下；9以上 |
| 透明度 | 20cm~25cm | 15cm以下；30cm以上 |
| 盐度 | 10×10-6~500×10-6 | 5000×10-6 |
| 溶解氧 | 3×10-6以上 | 1×10-6以下 |
| 氨态氮 | 0.2×10-6~1×10-6 | 3×10-6以上 |
| 亚硝酸态氮 | 0.02×10-6以下 | 0.02×10-6以上 |
| 磷酸盐 | 0.2×10-6~0.5×10-6 | 0.5×10-6以上 |
| 硫化氢 | 0.5×10-6以下 | 1×10-6以上 |
| 碱度 | 3×10-6以下 | 3.3×10-6以上 |
| 钙 | 150×10-6~600×10-6 | 600×10-6以上 |
| 镁 | 50×10-6~200×10-6 | 200×10-6以上 |
| 铁 | 10×10-6以下 | 10×10-6以上 |
| COD | 12×10-6以下 | 15×10-6以上 |
甲鱼苗入池时氧气的控制是很有讲究的。最好一台增氧机安装一个时控开关，根据具体情况进行设置。一般放养密度在30个左右/平方米，放养3万左右的鱼采用1.1kw的增氧机通常第1-2月增氧1-12个小时，第3-4月增氧12-24个小时，第4月以后一般开始全天增氧，甲鱼水体溶解氧的要求：2-6ppm，低于2ppm，氨氮容易偏高，大于6ppm，亚硝酸盐容易中毒，所以溶氧的控制要根据水体的理化指标和水体肥瘦程度灵活调节。
2、PH值的控制
甲鱼适宜的PH值为6.8-8.5。PH值过高会增加氨氮的毒性。PH下降是水体酸化的表现，可使有毒的硫化氢和二氧化碳含量增加。氨氮、硫化氢含量的增加都可以抑制甲鱼的生长。PH偏高的原因有四，其一：外水源本身PH值偏高；其二：溶解氧低，水质恶化、氨氮偏高；其三：泼洒过量致碱产品，如：生石灰等。处理办法：换水或者泼洒解毒净水宝10ppm+EM原露10ppm。PH偏低其主要原因是外水源本身就偏低或者是水质恶化，甲鱼消化吸收不好时也会导致水体PH值过低。处理办法：换水或者泼洒降硝抗酸灵5-10ppm，同时内服酵母细胞壁多糖2-3g/kg干料或肠倍健2-3g/kg干料。
3、氨氮降低的方法
可以通过控制饲料投喂数量以及适当的换水和排污来降低氨氮，另外水体泼洒：分解型底改颗粒、有机酸、活水改底片等也能达到降低氨氮的目的。
4、亚硝酸盐的控制
水体偏清时，增氧适当减少，泼洒藻来旺10ppm+EM原露10ppm，1-2次。
水体偏浓时，适当换水，水体泼洒底毒净（或底菌消）3-5ppm，连续用两天。或活水改底片3-5ppm。
5、透明度的要求
水体透明度2∕8为宜，遵循小肥大瘦原则，一般甲鱼苗入池后，水体透明度小于20﹪为佳，但养殖水体不能发白、变臭，这样可以减少白斑、白点的发病率。目前采用的生态调水，活水改底片3-5ppm或EM原露30-50ppm，增殖养殖池塘有益微生物，效果比较理想。养殖三个月后，甲鱼的摄食量增大，排泄物增多，这时需要及时换水、加水、增氧。定期泼洒底毒净、底菌消、塘宝360、活水改底片等，改良底质水质，降解过量的有机物，以保持池水透明度大于20﹪。
6、微生物的作用
在水体中使用有益微生物菌群，可以加速水体的氨氮转化为硝酸盐，硝酸盐则被浮游生物有效利用，改善水质及底质环境；同时由于高剂量投入，有益菌群在水体中短时间内形成优势种群，抑制了其它病原微生物的繁殖，可以将继发性感染源控制在较低水平，从而间接控制了传染性疾病的发生和发展。微生态制剂不能与消毒剂和抗生素同时使用，一般用药3天后等药性基本消失再使用。养殖中后期定期使用EM原露、活水改底片增殖水体的有益菌，有助于降解过量的残饵、粪便等有机物质，保持良好的水体微生态平衡。
