目前对于鲤鱼急性烂鳃病的治疗还缺乏特效药物，因此应强调“防重于治”的理念，从改善和优化养殖水体环境、增强鱼体免疫力来预防此病发生。
预防方面应在具体的生产过程中做到：放养前清除塘底过多的淤泥，合理确定养殖密度，合理搭配鲢鲬鱼。养殖过程中加强水质管理，勤观察水质变化，定期使用微生物制剂调节水质，如光合细菌、EM菌等调节水质，利用有益菌群抑制病菌繁殖生长。注意保持池塘含氧量充足，为鱼类生长创造优良环境。另外多选择一些中草药制剂和维生素C等拌入饲料内服，清除鱼体内毒素，提高鱼体免疫力，用药时做到科学用药、合理用药。
治疗方面药物的选择，因为鲤鱼急性烂鳃病传染速度很快，传染上的鱼死亡率极高。因此，治疗必须及时。根据嗜水汽单细菌对各种药物的敏感程度的不同尽量采取这种菌类敏感程度高的药物。考虑到这种菌的内毒性，应采取既对这种菌类敏感又对鱼体刺激性小的药物。如：每亩池塘每米水深用100-200gVe全池泼洒，或用免疫多糖等解毒抗应激类药物，连用2天;同时内服提高鱼的体质和增强鱼内脏器官功能的药物。如：板蓝根、Vc等，使用3天后，根据病情可考虑加氟苯尼考等抗菌药物。在治疗期间要勤开增氧机，保持池塘溶氧充足。另外，在病发期不要大量更换鱼塘内的水，否则会导致更多的鱼死亡。及时捞出死鱼或病鱼，将死亡的鱼消毒深埋，渔具不要相互借用。
