水库网箱养鱼为开放式养殖水体，养殖密度大，产量高，以每只网箱面积25平方米为例，养殖后期每箱总产量达2500～5000kg，一旦发病，很难控制，治疗难度大。因此，必须坚持以防为主，有病早治的方针，控制疾病的发生和蔓延。主要措施有：
1、合理规划和布局。网箱设置位置的选择和设置数量的多少，要根据水库面积、水深、水质、水流交换量等进行调查研究。养殖吃食性鱼类的网箱面积控制在占水库总面积的0.25%～0.4%为宜，以防养殖自身污染超过水体的自净能力。
2、把好鱼种放养关。鱼种体质的好坏、是否带有病原体，对水库网箱鱼病的控制具有重大意义。鱼种必须选择体质健壮、无伤病，并经过检疫、消毒才能放养。
3、控制养殖密度。水库网箱养鱼的放养密度应根据鱼的品种、规格和水库条件而定。在深水水库，水质清新、溶氧充足，可适当加大放养密度。而浅水湖泊水质较肥、溶氧条件较差，则应当降低放养密度。避免因养殖密度过高导致水环境变差引发鱼病。
4、科学投喂饲料。一是投喂新鲜、优质、营养全面的饲料，禁止投喂腐败变质的饲料。二是根据鱼的不同生长阶段和水温、水质、天气变化及鱼的摄食情况调整投饵方法、投饵次数和日投饵率，既保证鱼快速生长，同时又尽可能地避免饲料的漂失、浪费。
5、早期诊断治疗。网箱养鱼单位水体内的鱼群密度大，一旦发病容易迅速传染和蔓延。日常管理过程中应密切观察鱼的活动、摄食情况，发现异常及时将病鱼送化验室确诊，并采取相应的治疗措施。
