一、人工生态环境养殖法。即人工创造一个符合无公害水产品生产环境条件的水域，依据水生生态学原理选择合适的养殖品种进行无公害养殖。例如，种草养殖虾、蟹，现已成为发展无公害虾、蟹养殖，建设大面积生态养殖基地的主要模式之一；在鱼池埂子上种植葡萄或藤蔓类植物用以搭建遮阳棚养蛙，已成为蛙类生态养殖普遍采用的类型；鱼、畜、禽、草（菜）有机结合养殖法，即把畜、禽、水产养殖与饲草种植结合在一起，用无公害商品饲料饲养畜、禽、鱼，池埂边坡种饲草饲养鱼类和禽畜，畜禽粪肥经沼气池发酵后作饲料和培育水质的肥料。冬季清塘的鱼池肥泥又可用作种草的基肥，从而形成了物质流的良性循环，这种人工生态系统养殖法，是无公害水产养殖很有发展潜力的一种形式。
二、使用微生物制剂养殖法。近10年来，微生物活菌制剂逐步在水产养殖中得到应用
推广，这给无公害健康养殖生产提供了有力的保障。目前较多使用的产品有光台细菌制剂，芽孢杆菌、乳酸杆菌制剂，益生素，西菲利，EM制剂等。它们能分解水体中的残饵、鱼粪等有机质，降低水中的氨氮含量，使养殖水体变清洁，从而改善了环境；另外它们能改善养殖对象的胃肠道内环境，增强食欲，促进生长，提高饲料报酬；同时它们还能强化养殖对象的免疫功能，提高免疫力，增强抗病能力；还能强化有益群，防止和减少细菌性疾病的发生与蔓延。
三、多品种立体养殖法。水生动物在食物链的调控作用下生活在不同的水层，形成了相对稳定的生态平衡，构成了生物的多样性，对生态环境的保护和改善起着重要的调节作用。因此将这一原理应用于水产养殖生产上，就形成了多品种立体混养法。例如，以草鱼（或鳊）为主养鱼，同池混放了一定数量的鲢、鳙、鲤、鲫等就是一种代表模式。该模式的多品种组合非常合理；用草料（或部分商品料）别喂养草鱼（或鳊），他们排出的粪便可以肥水，有利于培养浮游生物，鲢、鳙滤食浮游生物降低了水质肥度，而鲤、鲫又以草鱼吃剩的残饵，碎屑和底栖生物为食，起到打扫环境卫生的作用。
四、水产品与农作物共生互利养殖法。这主要是指过去的“稻田养殖”“茭白田养殖”“慈菇田养殖”“藕田养殖”等方法，现在必须按照无公害水产品的标准进行生产，严格控制农药的使用，减少药残，确保水产品绿色无公害。
五、休药期养殖法。因为在养殖生产过程中需要防治病害，所有用药有时是必不可少的，但所用药品必须是国家允许使用的渔药，而且要严格掌握用药量。在产品上市销售前的1-2个月，应停止用药，以确保产品能达到无公害食品标准的要求。这种方法是发展无公害水产品生产的重要方法之一。
六、自然生态系统养殖法。利用无污染的天然水域及其天然饵料，按照特定的养殖模式进行增殖、养殖，基本上不投饲，也不施肥、洒药，目标是生产绿色食品和有机食品。这是今后获取高品位水产品的一个重要手段。
