安全有效合理用药的核心就是要遵循联合用药的用药顺序。根据水产养殖动物疾病的发病规律，总结数年药物防治水产养殖动物疾病的经验，在正确诊断疾病的基础上，按照“先改水、再杀虫、后杀菌、然后口服、最后调水”的联合用药的规程，可有效防治水产养殖动物的疾病。
“先改水”目的是为了消除或缓解水产养殖动物的应激反应、降解或消除池塘中的药物残毒，以及增加外用泼洒杀虫杀菌制剂的效果，常用的药物有多硫化合物、高铁酸钾、硫酸铝钾等。
“再杀虫”是指确诊水产养殖动物有寄生虫感染时必须采取的基础措施，药物选择时应根据不同寄生虫种类选择适宜的杀虫药物，并注意寄生虫的抗药性。
“后杀菌”是指确诊水产养殖动物具有被病毒、细菌及真菌感染的典型临床症状时必须采取的措施。“先杀虫、后杀菌”，这主要是因为很多临床症状要求我们“杀虫为本、治病治表”，很多氧化型消毒剂往往会加重部分杀虫药毒性，同时针对寄生虫疾病，如车轮虫、指环虫、中华鳋、锚头鳋病，养殖户习惯于施用杀虫药，而忽视了杀菌药的使用，从而导致细菌性疾病的继发感染，如顽固性烂鳃综合症、暴发性出血病等。为有效杜绝细菌性疾病的继发感染，在使用完杀虫药后的1天~2天内须使用如过氧化氢或二氧化氯、苯扎溴铵等再杀一次细菌。
“然后口服”是防治吃食性鱼类体内致病微生物及体内寄生虫病最为有效、直接的方式。
“最后调水”是为了保证施药后通过使用化学类或微生态水质改良制剂及肥料调节水质，保持水体的“肥、活、嫩、爽”，维持水产养殖动物的健康生长。
当然，防治某一种水产养殖动物疾病或多种并发症并不一定要全部使用上述五个规程，而是要具体问题具体分析。
