当事人申请仲裁后，可以自行和解。达成和解协议的，可以请求仲裁庭根据和解协议作出裁决书，也可以撤回仲裁申请。也就是说，当事人自行和解并达成和解协议后，可以作出以下两种处理：
1.请求仲裁庭根据和解协议作出裁决书。该裁决书与仲裁庭对争议案件经过审理，行使仲裁权作出的裁决书具有同等的法律效力：（1）对当事人之间的争议案件作出了终局的确定，对基于同一事实与理由的案件，当事人既不得再向仲裁委员会申请仲裁，也不得向人民法院提起诉讼；此外，对该具有法律效力的裁决书，非经法定撤销程序，任何机构都不得改变其内容；（2）具有强制执行力，即如果义务人不履行该仲裁裁决书中所确定的实体义务，权利人可以该裁决书为依据向有管辖权的人民法院申请强制执行，从而实现自己的合法权益。
2.撤回仲裁申请。在仲裁程序中，当事人经过自愿协商达成和解协议后，也可以不请求仲裁庭依据该和解协议作出裁决书，而撤回仲裁申请。当事人提出撤回仲裁申请后，只要仲裁庭对该申请经过审查，准许当事人撤回仲裁申请，这既意味着仲裁庭无须再对该争议案件进行审理并作出仲裁裁决；也意味着当事人在达成和解协议后，通过撤回仲裁申请的方式终结了仲裁程序。
应当注意的是，当事人经过自行协商达成和解协议后，采取撤回仲裁申请的方式与请求仲裁庭作出仲裁裁决的方式不同：采取撤回仲裁申请方式只是以自愿达成和解协议的形式在双方之间解决了争议，重新确定了双方之间的实体权利义务关系，但是，这种确定并未获得法律效力，即义务一方当事人不履行和解协议所确定的实体义务时，权利人无权依据该和解协议向有管辖权的人民法院申请强制执行。当事人撤回仲裁申请后反悔的可以重新申请仲裁。
