A为自然人，2005年10月将其名下的土地投资到B房地产公司，拥有70%的股份。该土地购买原价为1000万元，评估价为2000万元，股东确认价为2000万元，B房地产公司以2000万元做为土地成本入帐。2007年B房地产公司开发的房地产销售完毕，进行土地增值税清算。我们认为B房地产公司在清算土地增值税时土地的扣除成本应为2000万元。理由是：财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知财税字［1995］048号第一条规定：“关于以房地产进行投资,联营的征免税问题对于以房地产进行投资,联营的,投资,联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件,将房地产转让到所投资,联营的企业中时,暂免征收土地增值税.对投资,联营企业将上述房地产再转让的,应征收土地增值税”虽然财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知财税[2006]21号第五条规定：“关于以房地产进行投资或联营的征免税问题对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业�邮路康夭⒌模蛘叻康夭⑵笠狄云浣ㄔ斓纳唐贩拷型蹲屎土模皇视谩恫普俊⒐宜拔褡芫止赜谕恋卦鲋邓耙恍┚咛逦侍夤娑ǖ耐ㄖ罚ú扑白諿1995]048号）第一条暂免征收土地增值税的规定。六、本文自2006年3月2日起执行。”但该文件是自2006年3月2日起执行，所以我们认为对2005年10月的行为不应追溯。但税务机关的检查人员认为B房地产公司在清算土地增值税时土地的扣除成本应为1000万元。理由是：财税字［1995］048号第一条规定的是暂免征收土地增值税.对投资,联营企业将上述房地产再转让的,应征收土地增值税”，该文件不是说免税，只是说投资环节不征税，而是转让环节时要再征回税款。所以清算土地增值税时的扣除成本只认可购买原价1000万元。请问哪种做法是正确的。请给出具体的文件规定。非常感谢！
根据《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》财税字[1995]48号文件第一条：“对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税”的规定。我们认为：以土地作价入股进行投资或作为联营条件，后又将房地产再转让的，在土地增值税清算时，应以其原投资、联营者为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为扣除项目中取得土地使用权所支付的金额。
仅供参考。具体事宜请直接咨询的主管或所在地税务机关咨询。
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