市场中性策略的优势在于:1)提供分散化的组合，大多数华尔街的公司采用这种策略;2)随着交易成本的降低，边际利润上升;3)低风险;4)牛市、熊市可以具有相同的表现;5)按照市场中性策略构建的资产组合与其它资产类相关性小，对市场的影响很小;6)比直接交易的压力小。
但是，这种策略从本质上说是很复杂的。需要应用复杂并成本高昂的计算机模型来分析数据，辅助决定长短头寸中股票的选择;而股票的选择取决于基金经理人，由此可以产生完全不同的收益和风险;这种策略的成本也比较高，组合经常变换以维持长短头寸;另外，不是每支股票都可以卖空，基金经理人一般卖空那些流动性非常好的股票。
另外，市场中性投资策略并不是无风险套利，其危险性在于，尽管是借助先进的数量分析技术，但资产组合中长短头寸的最终确定哪些股票做多头，(哪些股票做空头)还是基金经理人主观判断的体现，一旦出现判断错误或者出现多头股票的表现差于空头股票的表现，该策略就会失败，遭受异常大的损失。其次，由于金融市场参与者是具有独立意识独立判断的人，无论怎样深奥的数学工具以及无论多么有经验的基金经理人，都不可能永远做出准确无误的判断。
