1.制度设计缺陷导致重复参保。我国医疗保障制度中城乡居民因身份不同而拥有不同的医疗保障制度，农村居民参加“新农合”、有职业的城镇职工参加“职工医保”、无业的城镇居民参加“居民医保”，不同人群筹资标准、医疗保障待遇等方面均存在较大差异。
在利益驱使下，部分在农村已捆绑参加新农合的人员，借在城里务工的机会再次参加了城镇职工医保或者居民医保。通过调查发现，有很多人觉得一年交那么一点钱无所谓，参加两项保险后，到了真正需要用的时候，可以比较之后选择用哪个。比如新农合主要倾向基层医疗机构，参保人员在乡镇一级医疗机构就医报销比例就比较高，而城镇居民医保在县城或者转外就医的待遇要高于新型农村合作医疗。无论城镇职工基本医疗保险、城镇居民医保还是新农合，参保人员一年内由医疗保险基金支出的费用都会设置上限。一些大病、重病患者就会因为政策缺陷，想方设法参加两项保险。
2.身份改变引起重复参保。主要表现在：一是按目前的政策规定，有劳动关系的进城务工人员，应随用人单位参加城镇职工基本医疗保险，其中有的又在户籍所在地以家庭为单位参加了新型农村合作医疗。二是农村户籍的学生在城区学校参加了城镇居民医保，在家又以户为单位参加了新农合。三是有部分在城镇定居的农村人口，既可参加城镇居民基本医疗保险，又可参加户籍地的新型农村合作医疗，这就导致城乡居民存在重复参保现象。
3.管理不到位造成重复参保。一方面，医保体系存在多头管理的状况——职工医保、居民医保由人力资源和社会保障部门管理，新农合由卫生部门管理，由于管理方式和信息系统的不统一，部门之间信息不能共享，监管也就无法到位，造成居民可以同时在卫生部门信息系统和人社部门信息系统拥有参保和缴费信息，正是因为如此，参保和报销信息不共享，报销票据的审查不到位，重复参保、选择性享受，甚至重复享受待遇的情况就时有发生。
另一方面，由于居民医保和新农合这两项保险的覆盖率都被列入各级政府的年度考核任务，因此，各经办机构都有上级下达的扩面压力，为了完成任务、体现工作成绩，经办机构会想方设法扩大参保人群，因此主观上对参保对象的资格审核也不愿意太严格，形成了管理的漏洞。这当中，农民工、乡镇企业职工、在城镇就读的农村学生，被征地农民等人群重复参保的问题最为突出。
4.医保制度条块分割、统筹层次过低。目前，我国已基本实现全民医保，但还处于地域分割、不能互认、统筹层次都很低的现状。目前，大部分地方的城镇居民医保、新农合还没有实现市级统筹，异地转移接续和跨区域即时结算还难以在全国有效推开。统筹层次过低，信息系统建设滞后，不同的信息管理系统，各县、区的参保登记信息资源无法共享，这些都为重复参保人员创造了条件。
