1)总体目标。为使我国农业经济实现短期和长期目标，农业科技保险体系建设要形成适合我国国情和形势需要，以合理的农业科技保险机构设置为硬件支撑、以稳定的农业科技保险人员队伍为软件保障，不断将各种资源进行优化整合，努力提升科学技术研发的投入产出比重，不断完善农业科技保险政策法律环境，优化农业科技保险运行机制和支持服务体系，为今后农业科技创新的顺利实施提供风险保障。
2)具体目标。农业科技保险的具体目标是分散风险，以支持农业科技企业进行农业科技创新。农业科技创新的根本出路是发展现代农业，但在技术创新的早期阶段，其自身便有着对金融资本的巨大需求，但农业科技企业仅仅依靠自己的力量是无法满足这一需求的，并且由于我国市场机制不健全、资本市场结构不完善，最终导致了农业科技企业融资困难的问题。农业科技保险是为了用金融资本来进行风险防范，从而支持和推进农业科技创新的。
