A、政治制度不同
B、经济制度不同
C、适用的法律不同
D、与中央的关系不同
答案：D
解析：特别行政区实行的是资本主义制度，民族区域自治地方实行的是社会主义制度，因此二者的政治制度是不同的。特别行政区实行的是资本主义经济制度，即在生产资料私人所有的基础上，社会财富按资分配；民族区域自治地方实行的是社会主义经济制度，即公有制基础上的按劳分配，二者的经济制度也不同。特别行政区拥有自身所特有的“特别行政区基本法”，而民族区域自治地方没有此特权，仅可制定自治条例和单行条例，二者适用的法律不同。但民族自治地方和特别行政区都是国家统一领导下的地方行政区域。中央与民族自治地方和特别行政区的关系是一个主权国家内部中央与地方的关系，是一种领导与被领导、监督与被监督、授权与被授权的关系，不是平行的、并列的伙伴关系，它们不得脱离中央而独立。因此D项不是二者的区别。故正确答案为D。
