哈密地方王国受封至被吐鲁番汗攻占,经11世,凡135年。明末清初,哈密转属叶尔羌汗国。叶尔羌汗国灭亡后,哈密又先后被准噶尔蒙古汗噶尔丹和策妄阿拉布坦势力所控制。清康熙三十五年(1696年)哈密维吾尔族首领额贝都拉摆脱准噶尔统治,归附清朝。清康熙三十六年(1697年),额贝都拉长子郭帕伯克在巴里坤生擒噶尔丹之子及其部属,押送北京。清政府封额贝都拉一等札萨克,颁札萨克印,赐红纛。乾隆二十四年(1759年),设哈密厅。同时派驻钦差办事大臣、协办大臣各一员。光绪十年(1884年),新疆建省,哈密升为直隶厅。
民国二年(1913年),改厅为县,通判改称知事,隶镇迪道。
民国二十三年(1934年),哈密县隶属哈密行政区。
民国二十四年(1935年),划哈密县天山以北的吐葫芦等6区为伊吾县行政区域。
1949年成立哈密专员公署,驻哈密。
1961年,国务院决定以哈密镇为基础成立哈密市(县级)。次年11月奉命撤销,恢复哈密镇建置。
1977年1月,国务院决定恢复哈密市,划哈密镇、城郊公社及回城公社大营门大队、陶家宫公社上阿牙大队、红星三场为市区,面积58平方千米。中共哈密市委、市政府于当年3月组建成立。
1978年,中共哈密县委、县政府从老城迁至大营房办公。
1983年9月,国务院决定撤销哈密县,政区并入哈密市。
1984年5月,撤县并市工作完成。从1984年末至1985年初,在农村体制改革中,根据“政社分离”的原则,恢复了区、乡、镇、村建制。此后“人民公社”名称不复存在。
1994年底,哈密市政府下辖2区、2镇、3个街道办事处、20个乡、43个居民委员会、112个村民委员会。
1996年,对行政区划作了较大调整,撤销沁城区及所属的小堡乡、芨芨台乡;撤销天山区及其所属的榆树沟乡、板房沟乡。二道沟乡更名为天山乡。恢复设立星星峡镇。