据史志记载，在西汉时期，这里是古老的岁貊人建立的中国东北地区第一个少数民族部落国家--夫余国的属地。
南北朝时，勿吉人灭夫余国，此地属勿吉。
隋朝时，属伯咄部。
唐代宋朝，为渤海国扶余府。
辽时设宁江州，今区名宁江就源于此。
金时，分属会宁府会宁县和隆州府利涉县。
明朝后期先后属女真塔山左卫和科尔沁蒙古。
后金立国后，复为满族(女真后代)所辖，在此立官军队称伯都讷站，后被誉为满族发祥地。
清康熙年间设伯都讷副都统，嘉庆年间置伯都讷厅，光绪年间，厅升府，更名为新城府。
民国成立后，1913年改为新城县。
1914年改称扶余县沿用至建国后。
1987年11月撤县建扶余市。
1992年6月成立松原市，此地改为扶余区。
1995年10月，恢复扶余县，县政府移至三岔河镇，
1995年12月12日经国务院批准由松原市委、市政府宣布成立宁江区。当时辖8个乡镇、13个街道、82个行政村。
2005年，撤乡并镇后，有5个乡镇。
