1999年9月16日，国务院（国函[1999]112号）批复：同意撤销昌平县，设立昌平区，以原昌平县的行政区域为昌平区的行政区域。区人民政府驻政府街。
2000年第五次人口普查，昌平区总人口614821人，其中：沙河镇57050人、回龙观镇55751人。
2004年12月16日，回龙观地区工委、办事处正式挂牌成立。
2005年末，昌平区户籍人口48.2万人。辖2个街道（城北街道、城南街道）、5个地区（南口地区、马池口地区、沙河地区、回龙观地区、天通苑地区）、15个镇（南口镇、马池口镇、流村镇、阳坊镇、十三陵镇、长陵镇、南邵镇、崔村镇、兴寿镇、小汤山镇、百善镇、沙河镇、回龙观镇、东小口镇、北七家镇）。
2015年，撤销回龙观镇，设立回龙观、龙泽园、史各庄3个街道，并将原回龙观镇京藏高速公路以东、定泗路以北区域划归沙河镇（地区办事处），碧水庄园居住区由沙河镇（地区办事处）统一管理。
