分汉代且兰县地置万寿县，为牂牁郡治，有今余庆县地。历南朝宋、齐、梁、陈，万寿县无变。
隋代，以万寿县扩置牂牁县，为牂牁州牂牁郡治，今县地在境内。
唐乾符三年（876年），以白泥、余庆（今敖溪）两土司为校尉，是县境有建置之始。
元代至元二十八年（1291年），改余庆长官司为余庆州。至正二十三年（1363年），改白泥长官司为白泥州。
明洪武十七年（1384年），余庆、白泥两州复改长官司。万历二十九年（1601年），平播后，贵州巡抚郭子章奏请将白泥、余庆两地合置余泥县，旨准改称余庆县，设余庆、白泥、合江3里，辖40余个村寨。
清康熙二十七年（1688年），省裁兴隆军田附近归余庆，名新归里，此时余庆辖4里。
民国三年（1914年），县废里设区。
民国三十年（1941年），黄平县第5区（太平堡）划归余庆。至此，余庆设5个区，行政区划基本固定。
1949年11月12日，余庆县解放，时置4个区、13个乡镇。
1951年9月，全县设5个区，13个乡镇、105个行政村。
1956年4月，隶贵州省镇远专署。
1956年4月18日，余庆县划归遵义专署。
1997年，撤地为遵义市，至今。
