春秋战国时期，已有先民在此繁衍生息。
秦汉之际，渐有人群择平原而居。
自南朝光大二年（568年）莆田置县时起，涵江即属之。
唐贞观元年（627年），境内围海造田，筑涵（即水闸）排涝，故称其地为涵头（为涵江最早地名）。
宋代，“刘氏初开水心河”，始有“涵江”之称。
宋元时期，境内分属莆田县唐安乡望江里、延寿里，崇业乡孝义里，武化乡仁德里等。
明清两代，分属莆田县二区延寿里、望江里、仁德里和三区孝义里。
民国时期，隶属莆田县二区。
镇、庄边镇、新县镇、大洋乡；赤港华侨经济开发区。区政府驻涵东街道。涵江区江口镇是莆田市的名义上的北大门和著名侨乡， 属莆田市涵江区管辖，莆田市的事实上的北大门是与江口镇仅一桥之隔山水相连的原来的莆田县新厝镇，莆田东北边界，本来莆田县以莆田县新厝镇北边的蒜岭与福清交界，新厝一带在自从莆田县成立时就隶属莆田县，自古就居住着几万莆田人，该地自古就使用莆田话，是莆田话区的一部分。新厝镇在解放后 因为福清县要发展工农业而被划给福清县。原来的莆田县东北的苏田 里，安香里（今涵江区东北部），明朝时割给福清县，是今福清市渔溪镇南部、东张镇西部。涵江区地处木兰溪入海口北岸，东濒莆田东南沿海兴化湾、 台湾海峡。324国道、福厦高速公路横贯区境，三江口港可通海轮。有白塘宁海桥、正学门、黄巷等市级文物保护单位。
涵江区原隶属莆田县，1983年5月，撤销莆田地区行政公署。9月，建立莆田市，莆田县隶属莆田市。
1984年6月，析莆田县的涵江镇和涵江公社，成立涵江区，为县级建制，直接隶属莆田市。
1984年6月，涵江升格为莆田市辖区。
1992年8月，省人民政府批准涵江为改革开放综合试验区，为涵江插上腾飞翅膀。
1993年，进行撤乡、建镇和扩办（街道办事处），成立三江口、白塘、国欢镇和涵东、涵西街道办事处，下辖49个村民委员会和10个居民委员会。
1998年，成立商城管委会。
2002年2月经国务院批准，莆田市进行部分行政区划调整，原莆田县的江口、梧塘、萩芦、白沙、新县、庄边、大洋等7个乡镇和赤港经济开发区划归涵江区管辖。调整后的涵江区辖有九镇一乡两街以及赤港华侨经济开发区，辖区面积由60平方公里拓展为752平方公里，人口近42万。
2003年，涵江区辖2个街道、9个镇、1个乡：涵东街道、涵西街道、三江口镇、白塘镇、国欢镇、江口镇、梧塘镇、萩芦镇、白沙镇、庄边镇、新县镇、大洋乡。
