隋开南定州改尹州，故属尹州。大业二年称郁林县，与马度县同属广州。唐贞观九年改属贵州，五代十国时期属贵州。
宋开宝五年港南区与怀泽、义山、潮水、郁平并称郁林县，属贵州怀泽郡，元代撤怀泽郡，复属贵州，明洪武二年降贵州为贵县，属浔州府。清代，仍称贵县，属广西行省浔州府。
1912年贵县属浔州府，1914年贵县属苍梧道，1932年改属梧州民团区，1947年至1949年改属第九行政督察区，中华人民共和国成立后，贵县初属郁林专区，1951年7月属南宁专区，同年8月属宾阳专区。
1952年8月属容县专区。
1958年7月属郁林专区。
1971年专区改为地区，港南区属玉林地区。
1988年12月撤县改市并更名为贵港市，1995年10月经国务院批准升格为地级市，新分出港北区、港南区、覃塘区。
2003年港南区辖1个街道、6个镇、5个乡，平悦乡并入木格镇；横岭乡并入八塘镇；思怀乡并入瓦塘乡。
