清光绪三十年(1904年)，浙派金石家丁仁(辅之)、王褆(福广)、叶为铭(叶舟)、吴隐(石潜)、吴潮(小冈)等人，聚集孤山，研究印学，发起成立印社，同人集资买地，因地邻西泠桥畔，定名西泠印社。张景星撰、王寿祺书《西泠印社》碑文中称：“乙已春醵资先建仰贤亭，奉先贤二十有八人。由亭而西望之，魏然庭楹者，‘山川雨露图书室’也；下行十数武，有亭翼然，临于竹阁之上者，‘石交亭’也；由亭而西，‘心心室’也；由室而北，‘斯文奥’也；由奥转北，山石奇突，野竹行列中有‘印泉’；由泉再去，峰回路转，宅幽势阻，则‘小磐谷’遗址在焉；泉左为‘宝印山房’，其右为‘福连精舍’；折而东，蜿蜓一径，名曰‘鸿雪’；循径得一大池，俞曲园旧题曰‘文泉’，泉水澄清，冬夏不涸；泉之西为‘剔藓亭’，东为‘题襟馆’，由此而上有‘四照阁’故址，今年春鸠工重建。阁与孤山巅连，远吞山色，平挹湖光，幽阒辽夐，气象万千，盖至此而全湖形胜一览无余矣。”文人园囿匠心独居，无不交赞并誉。民国2年(1913年)9月正式召开成立大会，推吴昌硕为社长，确定印社以保存金石、研究印学为宗旨。嗣后几十年的活动中，广集文物，收藏名碑帖石、古今印章、名人字画等。每逢清明与重阳，社友集聚，相互观摩作品，切磋技艺，观赏各自收藏的金石书画。印人还在西泠印社撰写大量联、匾、对联，以及刻于摩崖的题记，丰富多彩，书文并茂。西泠印社“占湖山之胜，撷金石之华”，保存一代印学大师在造园、文学、金石篆刻、书画方面的成果，是人文景观与自然景观结合的典范。
西泠印社致力于收藏。现藏“三老石室”之“汉三老讳字忌日碑”，为清咸丰二年(1852年)五月间出土。碑为东汉建武二十八年(52年)立石，被誉为东南第一石。民国10年(1921年)秋，箨徙上海，浙人集资赎回，于西泠印社，筑石室保存。题襟馆内丁敬身的《砚林诗墨卷》帖，分刻三十石，刊于壁间。金冬心书《金刚经》刻于华严经塔上。罗两峰画丁敬身像刻于石上，嵌在仰贤亭中。除此，印社重大的活动均撰文作记，并刻于石上，以示后来。如吴昌硕记并书《西泠印社记》、《汉三老石室记》和《隐闲楼记》，丁仁撰文、吴昌硕书《西泠印社新建观乐楼记》，王寿祺书《西泠印社记》，李庸撰《小盘谷记》，张钧衡《闲泉记》等。目前西泠印社共保存刻石302方，其中题字、题记33处，各种碑帖140方，画像石刻88方，其他刻石41方。
中华人民共和国建立后，西泠印社有了很大的发展，享誉国内外。郭沫若参观西泠印社曾题诗：“风雅扶轮六十年，西泠韻溢西湖天。千秋鸟迹泣神鬼，万树梅花结善缘。自古神州原尚赤，于今铁笔更宜坚。深勾深刻扬光烈，好使东风万古传。”
1963年3月，浙江省人民委员会公布西泠印社为省级重点文物保护单位。1981年4月，浙江省人民政府重新公布为省级文物保护单位。
