鱼菜共生中的“菜”并不是指单纯意义上的蔬菜，而是指水生栽培作物。通过鱼菜共生这个高大上的面纱，我们可以追溯到国内历史悠久的稻田养鱼，并从此寻觅到这种科技的雏形。
中国稻田养鱼历史有2000年以上。北魏农学家贾思勰在《魏武四时食制》称“陴县子鱼黄鳞赤尾，出稻田，可以为酱”，这是我国最早的稻田养鱼的文献记载。从考古资料得知，稻田养鱼早在公元前100年以前就已出现在汉中盆地的勉县两季稻田中，而且成为陪葬品，这把我国文献记载的稻田养鱼历史又提前了200多年。
稻田养鱼是利用稻田浅水环境既种稻又养鱼，达到促进粮食稳定增产又收鱼利的效果，是农民增收致富的一项具有综合效益的生产形式。稻田养鱼的主要生产类型有两种，即稻鱼共生和稻鱼轮作。
稻鱼共生是指在同一生产季节，鱼和稻同时生活在同一稻田环境中，如稻田养草鱼种、垄稻沟鱼、稻鱼萍结合、稻田与田头坑塘相结合、宽沟稻田养鱼等种养模式，近年来又发展了稻田养蟹、稻田养虾、稻田养鳖等稻田养殖名、特、优、新的水生经济动物的高效益型的稻田种养模式。
稻鱼轮作是指利用同一稻田，在不同季节分别进行种稻和养鱼，即一年之内只种一季稻，余时灌水养鱼，充分利用冬闲田、囤水田及湖区低洼田的水稻收获后再行养鱼生产。种稻时也可以开展稻鱼共生，水稻收割后继续养鱼，即稻鱼轮作。
新中国成立前，我国稻田养鱼主要分布在四川、贵州、湖南、江西、广西和浙江、福建等省区的丘陵、山区，且多为冬囤水田、冷浸田。新中国成立后，我国稻田养鱼有所发展，20多个省、市、自治区开展了稻田养鱼。随着科技的发展，稻田养鱼西南地区作为传统有所保留，但在湖北、江浙一带水系发达地区更是得到了长足发展，生产模式不断变化，新工艺、新器具不断丰富，一方面向工厂化规模生产发展，一方面作为园艺方式进入寻常百姓家。由此，鱼菜共生来到了我们面前。
受困于干旱缺水的气候条件，上世纪70年代以来，澳大利亚的园艺爱好者们成为鱼菜共生早期的先行者，借助互联网的开放性，在世界各地播下了火种。在知识和经验分享的过程中，鱼菜共生园艺得到快速发展，逐渐成为一场全球性的活动爱好。从1997年开始，维尔京群岛大学的詹姆斯Rakocy博士和他的同事们研发出了一种基于深水栽培的大型鱼菜共生系统，之后，世界各国多个大学逐步开展相关技术研究，探索大规模鱼菜共生农业生产的技术方法。近几年，规模化的鱼菜共生系统逐步在世界各地建设投产，室内的鱼菜共生工厂也开始出现。当前，整个鱼菜共生家庭园艺和农业产业正在快速发展。
