渔药大多以其使用目的进行分类，大体可分8大类。
1、环境改良剂与消毒剂。以改良养殖水域环境为目的所使用的药物，包括底质改良剂、水改良剂和生态条件改良剂。（1）含氯消毒剂---漂白粉、二氧化氯、二氯异氰尿酸钠、三氯异氰尿酸、二溴海因等。（2）过氧化物类消毒剂---过氧乙酸、过氧化氢等。（3）碱类---氧化钙（生石灰）等。（4）酸类---柠檬酸、醋酸等。（5）盐类---氯化钠、碳酸氢钠、乙二胺四乙酸二钠、硫酸亚铁等。（6）重金属盐类---高锰酸钾等。（7）碘和含碘消毒剂---碘、碘伏、聚乙烯酮碘等。
2、抗微生物药。指通过内服、浸浴或注射，杀灭或抑制体内微生物繁殖、生长的药物。（1）抗微生物药包括抗细菌药、抗病毒药和抗真菌药。（2）抗细菌药是水产养殖用药中应用最广泛、种类最多的一类药物，又可分为抗生素类（如青霉素、土霉素、氟苯尼考等），磺胺类（如磺胺甲基嘧啶、磺胺二甲嘧啶等），氟喹诺酮类（如恩诺沙星、诺氟沙星等）及其他一些种类。（3）抗病毒药是通过阻断病毒的增殖途径起到治疗水产动物病毒性疾病的药物。常见的水产养殖用抗病毒药物有碘制剂及板蓝根、大青叶等中草药。（4）抗真菌药主要用于治疗水霉病、鳃霉病、链壶菌病等由真菌引起的体表浅部和深部组织感染。常用的抗真菌药分为多烯类和非多烯类抗真菌药，前者如制霉菌素，后者如灰黄霉素、克霉唑等。
3、抗寄生虫药。指通过药浴或内服，杀死或驱除体外或体内寄生虫的药物以及杀灭水体中有害无脊椎动物的药物。包括抗原虫药、抗蠕虫药和抗甲壳动物药等。根据药物作用可分为抗原虫药、驱杀蠕虫药、杀甲壳动物药和除害药四大类；根据使用方法可分为内服药和外用药。内服杀虫药有阿维菌素、盐酸左旋咪唑、阿苯达唑、吡喹酮等；外用杀虫药有硫酸铜、硫酸锌、硫酸亚铁、高锰酸钾、甲醛、美曲膦酯（敌百虫）、溴氢菊酯等。
4、生物制品。通过物理、化学手段或生物技术制成微生物及其相应产品的药剂。通常有特异性的作用。广义的生物制品还包括微生态制剂。通过生物化学或生物技术制成的药物，通常有特殊功用，包括疫苗、某些激素、诊断试剂、生物水质净化剂、基因诱导剂等。
5、微生态制剂。微生态制剂又称有益微生物、益生素、微生态调节剂、益生菌、利生菌、活菌制剂等。他是从天然环境中提取分离出来的微生物；经培养扩增后形成的含有大量有益菌的制剂。从广义上讲，他包括了益生素、益生元和合生元。也可以说是在微生态理论的指导下，改善和调理微生态，保持微生态平衡，调试水产养殖生物环境，提高其健康水平或增进健康状态的益生菌（微生物）及其代谢产物和生长促进物质的制品。养殖生产上实际应用的微生态制剂应包括活菌体、死菌体、菌体成份、代谢产物及具有活性的生长促进物质等部分。微生态制剂在水产养殖上的应用可分为两类：一类是水质微生态改良剂；另一类是营养型免疫制剂。我国农业部已批准使用的有益微生物菌种有芽孢杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌、酵母菌、噬菌蛭弧菌和脆弱拟杆菌等6大类微生物。目前用作微生态饲料添加剂的微生物主要有：乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌、放线菌、光合细菌等几大类。
6、中草药。指为防治水产动植物疾病或养殖对象保健为目的而使用的药用植物；经加工或未经加工，也包括少量动物及矿物。（1）抗病害:如大黄、黄连、大青叶等能够抑菌；板蓝根、野菊等有抗病毒的能力；苦楝皮、马鞭草、白头翁等能杀虫。（2）增强机体免疫力:水产动物具有相对完善的免疫功能,中草药可以对其起调节作用。（3）可以完善饲料的营养，提高饲料转化率:中草药本身含有一定的营养物质，如粗蛋白、粗脂肪、维生素等，某些中草药还有诱食、消食健胃的作用。
7、生长代谢调节药。指以改善养殖对象机体代谢、补充机体代谢必要物质、增强机体体质、病后恢复、促进生长为目的而使用的药物，通常以饲料添加剂方式使用。目前常用的有维生素、氨基酸、矿物质、促生长剂、免疫刺激剂等。
8、其它。包括抗氧化剂、麻醉剂、防霉剂、增效剂、催产剂（激素）等药物。
