1、规范用药，健全档案。渔用药物的使用必须按照《渔用药物使用准则》 NY5071～2001的规定执行，少用或不用抗生素类药，严格执行《无公害食品渔用药物使用准则》，切忌随意加大药物用量，以免造成养殖品种出现药物中毒甚至集中死亡。生产者应养成购买鱼药时索要处方的习惯，建立健全养殖池塘档案，尤其是对药物使用情况及其效果应作详细的记录。建立起水产养殖用药的可追溯制度。严格执行农业部制定的《禁用药物清单》，杜绝使用违禁药物。目前，我国农业部兽药主管部门已经先后将甲基吡啶磷、地虫硫磷、林丹、毒杀酚、滴滴涕、硝酸亚汞、五氯酚钠、杀虫脒、孔雀石绿、磺胺脒、呋喃唑酮、氯霉素、环丙沙星、甲基睾丸酮和锥虫胂胺等药物列入了水产养殖禁用药物目录，在水产养殖生产中是不能使用的。
2、正确诊断，合理用药。正确的诊断是成功治疗的首要条件，根据症状和病原来准确确定病因，正确诊断后根据药物的适应来选择药物，并采用合理的投药方法。同时应注意药物发挥疗效需要一定的时间，不能指望用药的当天就能迅速见效，有时在用药后的一两天常有死亡增加的现象，如果药物的剂量是在安全的范围之内，可能是由于药物把动物体内的病原菌杀死后促使细菌细胞同时释放出内毒素，造成动物的急性中毒死亡。这种情况下一般在3～4天后死亡率即会下降；否则应考虑药物剂量过大。
3、施药宜早，注重预防。发病动物一般最早出现的症状是食欲丧失，也就不能摄食药饵，口服药物对发病的动物不起作用，已发病的不易治好。而投用的药物对当时尚未发病的动物起了预防性的保护作用，所以对养殖水产品来说真正的治疗是很少的，故水产养殖上更显出预防重于治疗的重要性。动物发病后如果治疗太迟，发病率就会迅速增加，给治疗带来困难。
4、内外用药，结合使用。两种给药方式具有不同的作用。对于细菌性疾病无论是体表感染还是全身感染都应内服和外用相结合：对于体表寄生虫感染，一般只需使用外用药物即可，但有时采用内服给药也可奏效。
5、统筹兼顾，综合治疗。在应用抗菌药物治疗细菌性疾病的过程中，必须充分认识到动物自身免疫力的重要性。过分依赖抗菌药物的功效，而忽视饲养管理及水质环境的改善常是失败的主要因素。
6、妥善用药，推新施药。提倡生态综合防治和使用免疫增强剂、微生态制剂、生物渔药、中草药。免疫增强剂通过作用于非特异性免疫因子来提高水产动物的抗病能力，并减少使用抗生素等化学药物带来的负面影响，因此比化学药物安全性高，比疫苗应用范围广，如低聚糖、壳聚糖磺酸酯、几丁质等富含多糖、生物碱、有机酸等，能显着提高水生动物的免疫功能。微生态制剂安全、低毒、有效，已经引起水产养殖者的重视，如反硝化聚磷菌。生物渔药是通过某些生物的生理特点或生态习性，吞噬病原体或抑制病原体生长，如我们已从自然环境中筛选到一些能对海水弧菌、淡水气单胞菌等致病菌具有较强裂解作用的蛭弧菌，一周后能使致病菌浓度下降4～5个数量级。中草药具有来源广泛、使用方便、价廉效优、毒副作用小、无抗性、不易形成渔药残留等特点，在疾病预防中具有广阔的应用前景。
7、注意安全，避免残留。渔用药物进入水产动物体内之后，均会出现一个逐渐衰减的过程。因为水产用兽药的种类、使用药物时的环境水温和水产饲养动物的种类不同，药物在水产动物体内代谢过程所需的时间长短也有所不同。因此，为了保证水产晶消费者的安全，避免水产动物体内残留的药物对消费者健康的影响，每种水产用兽药都有其相应的休药期。养殖者对所饲养的水产动物使用药物后，绝对不能将休药期尚未结束的水产养殖动物起捕上市。
