鱼类本身就是传播疾病的传染源之一，即使最健壮的鱼种，也难免带有一些病原体。病原体少量时并不引起鱼病，表面上看来鱼还是健康的，一遇条件适宜，病原体便大量繁殖而引发鱼病。从“预防为主”出发，必须切断传染途径，因此鱼种放养时，用药物进行消毒，可以避免病原体带人鱼池，再加上药物清塘消毒，将大大减少鱼病发生的机率。
鱼体消毒采用药物浸洗法，或称药浴法，就是将鱼放在较高浓度的药液里，经过适当时间的浸洗（时间的长短，随鱼体大小、体质强弱、药物浓度、水温高低等情况而定），将鱼体表的病原体杀死。具体方法有以下几种：
1、漂白粉消毒：用10ppm—20ppm的漂白粉（含有效氯30%）水溶液浸洗鱼种，约10分钟左右。该方法能防治细菌性皮肤病和鳃病。在不发现寄生虫的情况下，宜采用此法。
2、漂白粉和硫酸铜合剂消毒：每一立方水用漂白粉10g和硫酸铜8g。使用时应注意将漂白粉和硫酸铜分别溶化后再混合，水温在10—20℃时，浸洗20—30分钟，除能防治细菌性皮肤病和鳃病外，还能防治由原生动物寄生所引起的大部分皮肤病和鳃病。
3、高锰酸钾消毒：浸洗浓度为20ppm，水温在10—20℃时，浸洗2小时左右，主要用于防治锚头鱼蚤病、指环虫病和三代虫病，对车轮虫病、斜管虫病等也有效。在配制此药时应现配现用。浸洗的水应尽量选用含有机质少的清水，防止在阳光直射下浸洗，以免影响药效。
4、敌百虫（90%晶体）消毒：浸洗浓度为10ppm,时间约15分钟，可以防治指环虫病。
5、食盐水消毒：用4—8%的食盐水溶液浸洗鱼体10分钟，对粘细菌、水霉菌及车轮虫等都有杀灭效果。
要注意的是，鱼体消毒时间长些，对病原体的杀灭较彻底，但时间长了，水中溶氧不足，会引起鱼缺氧死亡。所以在操作过程中，要特别注意鱼的动态，到鱼忍受不住的时候，应立即将鱼放入鱼池内。
