一、毒性作用
人类长期摄入含有药物残留的水产品，药物会不断在体内蓄积，当浓度达到一定量时，就会对人体产生毒性作用。如磺胺类可引起肾脏损害，特别是乙酰化磺胺在酸性尿中溶解性降低，析出结晶后损害肾脏；又如氯霉素，可以引起再生障碍性贫血，导致白血病的发生。
二、产生过敏反应和变态反应
有些药物具有抗原性，它们能刺激机体产生抗体，发生过敏反应，严重者可引起休克，短时期内出现血压降低、皮疹、喉头水肿、呼吸困难等症状，如青霉素、四环素、磺胺类及某些氨基糖苷类抗生素等。
三、导致耐药菌株产生
由于药物在水产动物体内残留，有药物残留的水产品有可能在人体内诱导某些耐药性菌株的产生，给临床上感染性疾病的治疗带来困难。已发现长期食用低剂量的抗生素能导致金黄色葡萄球菌耐药菌株的出现。
四、导致菌群失调
在正常情况下，人体肠道内的各种菌群是与人体的机能相互适应的，但是药物残留会使这种平衡发生紊乱，造成一些非致病菌的死亡，使菌群的平衡失调，从而导致长期的腹泻或引起维生素缺乏等反应，对人体产生危害。
五、致畸致癌致突变
药物残留对人类会产生“三致”作用，如孔雀石绿等。
六、激素作用
激素类药物的残留会使人类生理功能发生紊乱，产生较大的影响。
