随着外河水源富营养化和污染源的增多，水质管理比过去更为重要，水质好坏与养殖产量、病害和经济效益关系十分密切。水质管理要采取综合管理措施，有效改善水质，为水生动物创造良好的生长环境。
一、冬季清塘消毒是水质管理的基础
经过几个生长周期后，池塘累积了大量残留饲料、鱼蟹的排泄物及其它有机物，形成很厚的淤泥层，内藏大量病菌，有机物腐败产生亚硝酸盐、硫化氢、氨气和沼气等有害物质。淤泥过多，影响后期水质的控制，一般4～5年必须清淤一次，每年使用100～150千克/亩生石灰对水全池泼洒，改善底质，并在冬季曝晒15～30天，使底质疏松，利用空气中的氧气分解有机物，转化成浮游生物能直接利用的无机盐。
二、冬春肥水是养殖的重要措施
冬季放养后，底泥不是特别多的塘口适当施肥，不论对河蟹还是常规鱼养殖一般是有益的。冬季水质清瘦，肥水培育浮游植物，有利于早期光合作用，提高水体溶氧；为了提高养殖效益，一般池塘内套养多个品种，肥水可以提供青虾、花白鲢的天然饵料；水质清瘦适合青苔生长，肥水能有效抑制青苔繁殖。有机肥优于无机肥肥水，其营养全面能培育大量细菌，对浮游动物生长极为有利。方法是有机肥料添加EM生物制剂（1%～2%）或添加生石灰（20%～30%）混和堆放，充分发酵后，堆放在池塘四边浅滩区，随水位升高逐渐向水中释放。肥水量鸡粪100～120千克/亩，猪粪200千克/亩。现在市场上有许多经过加工的商品肥料，按说明书用量，在实际生产中效果并不理想，原因是用量不够。3～4月份，若水体透明度在40厘米以上，可以适当追肥。
三、夏季水质调节是养殖的关键
前期1～5月份水体要增肥，高温季节要控制肥度。通过注换水排出底层水，注入外河上层水。7～9月每两天换水量为10厘米；夏季水体中的溶氧昼夜变化大，白天大量产生氧气，上层30厘米以上溶氧达到饱和状态，由于热阻力层存在，下层没有光照，水体耗氧后得不到补充，形成氧债，到晚上热阻力层减弱后，水体大量耗氧，到黎明前溶氧处于最低量，严重时会发生缺氧死鱼，因此，白天无风时中午12:00～15:00要开动增氧机2～3小时，打破热阻力层，增加溶氧。高温季节水体中氨氮、亚硝酸盐、硫化氢含量较高，是多种病害的引发因素，且得病后影响治疗效果，需定期检测有害物质，当氨氮、亚硝酸盐达到2毫克/升、0.1毫克/升时要用药物降解，也是防治鳊鲫鱼出血病的重要措施。
四、培育良好的水草是蟹池水质调节的根本
水草种植要根据各自水草的特点，多品种移植，以伊乐藻为主搭配黄草、轮叶黑藻等，使全年水草有较好的覆盖率（60%～70%），起到最大限度净化水质的作用。河蟹喜食轮叶黑藻，河蟹放养时圈养1/10～2/10的面积，在圈养区外种植水草，待形成优势后撤除围网，轮叶黑藻数量多的塘口，河蟹回捕率相对高。伊乐藻不耐高温，6月份割去上部30厘米，没入水中安全度过夏天。如果水草过多（70%以上）要清除部分水草，留出通道，有利于水体流动。水草过密，生长较慢，净化水质的作用减弱。到了8月份，有些塘口若水草很少、水质变肥，要补充青萍、水花生。青萍也是河蟹的优质饲料，繁殖速度快，净化水质效果好，缺点是容易封塘，当超过30%的覆盖面要人工捞除。
五、生石灰调节水质的作用不可忽视
生石灰过去作为一种常用的水体消毒剂使用，近几年有些专家认为15～20克/米3生石灰浓度达不到杀死病菌的效果，只有50克/米3才能起到消毒作用（常用于冬季清塘），50克/米3的生石灰浓度对河蟹和常规鱼剌激性很大，能造成河蟹大量死亡和损伤常规鱼鳃丝引起烂鳃病。由于水生动物生存环境要求水质偏碱性和致病菌比较适宜酸性环境，因此生石灰调节水质改善河蟹、鱼类生存环境的作用也是很大的，并且能增加钙质，有利于水生动物的生长，调节水质用5克/米3浓度即可。
六、底质改良剂调节水质值得推广
经过一段时间养殖后，底质逐渐变差，影响到水体质量，可使用沸石粉、硫代硫酸钠吸附、离子交换去除水中氨气、硫化氢、沼气等有害物质，稳定池内pH值。
七、优良水质调节，微生物制剂必不可少
微生物调节水质是一个缓慢过程，长期使用才能达到较好效果，种类有光合细菌、硝化细菌、枯草菌、芽孢菌、放线菌、乳酸菌、酵母菌、蛭弧菌等，具有增加溶氧、降低氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，抑制病菌生长的作用。各种有益菌作用不同，要根据池塘实际情况选择使用，尽早使用利于形成优势，禁止与抗生素、消毒药类同时使用，水体泼洒时要适当增氧，特别要注意的是不能把有益菌用来治病，只能作为调节水质预防发病的药物。
