微生态制剂是一种纯生物制剂，绿色、环保，具有无毒副作用、无残留污染、不产生抗性等特点，与抗生素等药物相比拥有无可比拟的优势，在水产养殖中有着广泛的运用前景。目前，我国市场上的微生态制剂产品很多，其主要成分都是益生菌群，水产养殖上应用较多的是光合细菌、放线菌、酵母菌、芽孢杆菌、硝化细菌、弧菌等几类细菌以及EM菌群。据不完全统计，目前国内具备一定规模的水产微生态制剂企业有数百家，所生产的单一菌种制剂及复合菌种制剂多达50余种。在销售中常见的问题主要有：
1、菌种退化问题
由于长期使用同一菌种，菌种产生退化现象，形成质量问题。
2、发酵、培养问题
由于某些原因，使细菌在发酵或培养过程中未能达到要求，造成细菌数量不足或活力不够，有些细菌已出现杂化或受到污染，甚至有些家庭式、作坊式的生产单位，将塑料袋装入原料及菌种，在阳光下直接发酵，根本达不到技术要求。
3、细菌固化、加工及复配问题
由于技术、设备、加工工艺及操作等原因，造成细菌数量不够、活菌数量减少或活力不强。
同种类的微生物，其针对性和作用是不相同的。复合水产微生态制剂就是利用不同菌株的不同特性，以期发挥其综合效力。如果配伍不当或配伍的细菌不符合使用环境，菌株的生长、繁殖条件受到影响，则这些细菌就难以发挥其应有的作用
5、活菌数量和（或）活力不够
微生态制剂的作用是通过有益微生物的一系列生理活动来实现的，如果微生态制剂中活菌的数量和（或）活力不够，不能形成优势菌群，就难以起到应有的作用。
6、储存运输不当
微生态水质调节剂在储存运输过程中，保管不当是商家和养殖者最容易忽略的环节，往往随意堆放，而各厂家说明书上要求的存储条件也不一致。有的要求干燥、避光、冷储，有的称可室温保存令使用者造成混乱，殊不知环境对菌株的活性影响更大。若将其放在温暖潮湿的环境中，细菌在储存过程中就开始繁殖生长，到使用时细菌可能大部分已进入衰败期，进一步分解有机物的能力极其有限。若暴露于强光、高温等恶劣环境，直接导致细菌死亡，其活菌数量将大打折扣。
