我国苹果主产区苹果园土壤肥力普遍不高，特别是西北黄土高原、渤海湾地区苹果园土壤瘠薄，有机质严重不足，大部分苹果园不到1%，远远满足不了优质苹果生产的需要。目前，苹果园施肥由于缺乏针对性、科学性，存在许多亟等解决的突出问题，主要表现在以下九个方面。
上世纪70年代以前，我国农村普遍施用的主要是有机肥料。由于有机肥料中的某些元素（如氮、磷、钾等）含量不能充分满足作物的需要，因此产量水平较低。为了提高作物产量，就必须适量增加化肥的施用量。据统计，目前有机肥料所能提供的氮素只占作物所需氮量的30%，70%左右要靠化肥供应，其它如磷、钾等肥料元素也呈现类似情况，化肥的增产效应十分明显。正因如此，有些果农开始忽视有机肥料的施用，施用量逐年减少，甚至个别果园不再施用有机肥料，单靠施用化肥来维持产量，造成果园土壤板结，果品质量下降。
有机肥料在果树生产中的作用是不可代替的。一是所含营养成分丰富、全面，是任何一种化肥种类所不具备的;二是能改良土壤;三是有利于促进土壤中微生物的活动，加速土壤中生物小循环过程，有利于果树的生长发育;四是有机肥料在分解过程中能够产生大量的有机酸，可以使一些难溶性养分变为可溶性养分，从而提高土壤养分的利用率。因此，必须重视对果园有机肥料的施用。有机肥的施用量一般要求和果树产量等量施用或倍量施入。
有机肥为完全肥料，但养分主要以有机状态存在，都要经过腐熟分解后才能被苹果树吸收利用，但目前施用有机肥多采用边积边运、随运随施，如人畜粪尿、堆肥等，未经腐熟分解直接施入。直接施入未腐熟的有机肥，不但未能及时提供养分供苹果树吸收利用，影响其正常的生长发育，还会因腐熟分解过程中产生的有害物质而伤害苹果树根系，而且经腐熟分解的肥效发挥与苹果树的需肥时间又很难一致，常常造成肥效流失或浪费。
由于有机肥料普遍欠缺，苹果园施肥主要依赖化肥。绝大多数园片有机肥投人不足，极少数园片的有机肥投入占到全年肥料投人总额的30%左右，好的园片也仅占到50%左右，绝大多数园片还是以氮磷钾复合肥为主。化肥具有养分含量高、肥效快等特点，但养分单纯，且不含有机物，肥效期短，长期单独使用，易使土壤板结，土质变坏。在化肥中，偏重使用氮肥，如尿素、碳酸氢铵等，过多的氮肥还影响苹果树对钙、钾的吸收，使树体营养失调，芽体不饱满，叶片大而薄，枝条不能及时停长，花芽形成难，果实着色差，风味淡且有异味，痘斑病、水心病普遍发生，贮藏性下降，表现出明显的缺钙症状。特别是红富士品种，对氮肥敏感，氮肥过多，苹果实品质明显下降。近年消费都强烈反映红富士等品质下降，不好吃，也不耐贮，其主要原因就是氮肥过多所致。过多使用氮肥不可使树体抗性降低，诱发腐烂病、白粉病等。欧洲专家在考察我国苹果园现状后认为，氮肥过多是造成产量、质量不高的主要原因之一。对此我们应引起高度重视。
果树的生长发育需要吸收多种营养元素，除了大量元素外，微量元素也很重要，若缺乏则易患缺素症。同时，各种元素间还存在着相助或拮抗作用。如苹果施氮肥后，树体内含氮量增加的同时，对镁的吸收也多;反之当含氮量低时，对镁吸收减少。而氮与钾、硼、铜、锌、磷等元素间存在拮抗作用，如过量施用氮肥，而不相应地施用上述元素，树体内的钾、硼、铜、锌、磷等元素含量就相应减少。相反地，对苹果施少量的氮肥，叶中的钾素含量增多，且土壤中氮含量越少，对钾肥吸收就越多，甚至导致因钾素过剩。磷肥施用过量，如不相应地增加钾、镁肥，则抑制对钾、镁的吸收，出现钾、镁不足。而钾素过多，对钙、镁吸收就减少;相反地，低量钾肥可提高树体中钙、镁的含量。缺钙时，不利于氨离子吸收，过多，土壤呈偏碱性，使铁、锰、锌、硼等变为不溶性，导致缺素症的发生。然而在生产实际中，有些果农不注意或不了解肥料的平衡作用，在施肥时往往以氮、磷为主，其他元素施用较少，导致缺素症的发生，产量不高，品质下降。要改变这种状况，就必须了解土壤种类、土壤中营养元素的丰缺、果树对不同养分的需求，最好进行测土配方施肥，以免果树缺素症的发生。
我国苹果园施肥存在的九大问题
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