装袋完毕，用干净棉布擦干净袋子的外表面，就可上锅灭菌。塑料袋必须直立排放分层立起。
高压蒸气灭菌，0.15兆帕下维持2—3小时。常压灭菌，当温度达100摄氏度时维持10—12小时再闷12小时待自然温度下降最好。高压灭菌结束，让压力自动下降至零后，将袋取出运入接种室，冷却到30摄氏度以下接种。
要挑选好接种用的原种或栽培种。菌种首先检查是否经过出菇试验，证明是种性优良的菌种，逐袋捡出菌丝粗壮、洁白，有细粉状，菌龄在35—40天，不超过45天。后期培养基表面出现成熟的白色子实体的正常优质菌种。剔除菌丝细弱，褐色分泌物多，粉状分生孢子多的或污染上杂菌和发生螨类为害的不良菌种。
接种前，先将菌种、接种工具及料袋等放入接种室或接种箱消毒，每立方米空间用甲醛8—10毫升加高锰酸钾5克熏蒸。接种室熏蒸10—12小时后接种。接种箱熏蒸半小时后就可接种。也可用气雾消毒剂，按每立方米空间8克熏蒸消毒。
接种人员换上清洁衣鞋，用消毒液洗手和酒精洗手消毒进室接种，操作要轻快、迅速严格无菌操作。
接种是在酒精灯火焰周围进行，袋子不要碰到火焰，以免烧熔塑料袋。袋口朝下，除接入少量菌种在料袋中央洞内，其余接在料面，分散均匀，接种量5%左右。一瓶原种接30袋左右。接好种后将栽培袋轻拿轻放移出接种箱，整齐排放在大棚内进行菌丝培养管理。
金针菇灭菌接种的方法
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