目前全国推广的平菇菌株中，按菌柄的硬软程度大体可分为硬柄型与软柄型两种。
硬柄型平菇菌株吸水性差，所以在喷水时，水分稍微大一点并无多大妨碍，多余的水分在子实体饱和吸收之前就已经流走，一般不会影响子实体的正常新陈代谢，所以硬柄型平菇一般不会感染黄菇病等细菌性病害。而软柄型平菇菌株的子实体组织像海绵一样，吸水性相当强，当喷水时，子实体上的水分会很快被吸收，子实体的含水量很容易饱和，其含水量过大时，子实体特别是幼小菇蕾的新陈代谢会受到影响，会出现发黄死亡的现象，这就是软柄型平菇容易发生黄菇病的原因。因此，菌株不同，管理措施也不同。需要指出的是，在平菇栽培过程中，应坚决杜绝用大水喷灌子实体，尤其是软柄型平菇。增加湿度可采取往地面灌水和往子实体上喷轻水雾的方法。
在耐高温方面，软柄型平菇菌株具有明显的优势，在全国推广的早秋类品种中，软柄型平菇菌株约占90%，而且软柄型平菇菌株的色泽较深，早秋及春季出菇颜色好，柄短质量优。因此，软柄型平菇菌株是早秋及春季栽培平菇的首选。软柄型平菇菌株在低温条件下的商品性表现不如硬柄型平菇菌株，在低温条件下，软柄型平菇菌株容易出现低温冻害，在子实体上会出现很多突起的瘤子，严重影响商品性；而硬柄型平菇菌株在低温条件下，子实体可保持光滑圆整。因此，在秋冬季栽培平菇，可优先选择硬柄型平菇菌株。当然，如果有良好的保温设施，也可以将软柄型平菇菌株作为秋冬季的主栽品种。
在喷水管理上，要注意低温季节喷水应在中午前后温度高时进行，尽量不要在傍晚封棚前进行。在低温季节子实体生长慢，喷水次数应适减少，以防子实体吸水过大发生黄菇病等细菌性病害，栽培软柄型平菇菌株时更应该注意。低温季节喷水，一天可喷1～2次；在早秋等高温季节栽培平菇，需要给子实体补充水分以降低温度，喷水次数应适当增加，一天可喷3～4次，雨天看情况可不喷或少喷水，硬柄型平菇的喷水次数应该比软柄型平菇适当多一点。
硬柄型平菇与软柄型平菇管理有差异
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