第一，行政诉讼的根本任务就是对具体行政行为的合法性进行审查。行政诉讼的目的不仅是保护公民、法人和其他组织的合法权益，还应对行政机关是否依法行政作出监督。
违法的行政行为不仅侵害了管理相对人的合法权益，而且国家正常的行政管理也受到破坏。所以行政撤诉一定要强调其合法性。在行政机关具体行政行为违法的前提下，即使原告主动放弃诉讼权利，人民法院也不应允许。行政机关主动改变其具体行政行为而使原告申请撤诉的，能否撤诉，也必须以改变或撤销后的具体行政行为合法为前提。
第二，原告撤诉，在某些情况下，有可能影响他人的权益。如，在治安行政管理中，侵害人与被侵害人都对公安机关依照《中华人民共和国治安管理处罚条例》作出的处罚决定不服，双方都可以提起行政诉讼。此时，作为同一案件的两个原告的诉讼请求有着相反的利益，审判结果对两名原告的权益都有着密切的利害关系，其中有一名原告申请撤诉而另一名不申请时，一般是不允许撤诉的。
