国债代保管凭证的启用在规范国债代保管业务、方便国债投资者等方面发挥了应有的作用，但同时也引发了擅自扩大“凭证”使用范围、利用“凭证”进行违规交易等情况，其中典型的、后果最为严重的就是国债中介机构（证券公司）以开具代保管单的形式超过其所持有的券面总额卖出国债（简称“卖空”）。根据前述对国债代保管凭证的分析可知，任何国债经营和代理机构在国债交易或者推销过程中开具国债实物券代保管凭证，所开具的代保管凭证中记录的代保管数额，必须有全额实物券作保证。但在上述场合，证券公司手中持有的国债实物券面额远远少于其向投资者卖出的国债面额，甚至根本就不持有实物券，其效果就等同于是证券公司在市场上卖空国债。此种违法的国债代保管凭证一般都是通过各证券公司营业部在柜台上销售给个人投资者，由此而形成的证券公司和个人投资者之间形成的债权债务关系统称为个人柜台债。
投资者购买国债代保管凭证的初衷是购买国库券，因此这种卖空国债行为本质上就是证券公司假借国库券背后的国家信用来为自己募集资金。证券公司利用上述方式募集资金之后，往往不用来购买国债，而是用于股票自营业务、投资房地产等。一旦其募集资金所用于的投资失败，证券公司在国债到期时就会产生大量亏损、兑付不能直至倒闭。此时，有些证券公司往往采用“借新债，还旧债”的方式，展开新一轮的国债卖空来应对眼前的危机。由此，给投资者造成巨大的损失，人为的增加了金融市场的风险，引起金融秩序的混乱。
