公司开具了增值税专用发票后，才发现税务机关错误输入公司的号码，现在该怎样处理？

按规定，纳税人在当月就发现上述问题，应按照专用发票使用管理的有关规定，对纸质专用发票和防伪税控开票系统中专用发票电子信息同时进行作废，并及时报主管税务机关。纳税人在以后月份发现的，应按有关规定开具负数专用发票。